Pregled in klasifikacija proteinov iz bakterije Listeria monocytogenes na osnovi tridimenzionalne strukture ter potencialne biološke vlogeLovšin, Martin (Avtor) Anderluh, Gregor (Mentor) Podobnik, Marjetka (Komentor) Listeria monocytogenesklasifikacija proteinov3D-strukturaciklični nukleotidiBakterija Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) je grampozitiven znotrajcelični patogen, ki preko okužbe s hrano povzroči huda obolenja pri ljudeh z oslabljenim imunskim sistemom. V diplomskem seminarju smo s pomočjo podatkov iz proteinskih podatkovnih baz PDB in Uniprot ter brskalnika PubMed naredili pregled proteinov s poznano tridimenzionalno strukturo (3D). Klasifikacija proteinov glede na njihovo funkcijo je služila za predstavitev delovanja ključnih virulentnih dejavnikov, ki bakteriji omogočajo, da preide v notranjost celice in se povsem izogne prirojenemu imunskemu sistemu. Ključno vlogo pri razvoju okužbe in pri natančnem uravnavanju metabolizma in virulentnih dejavnikov imajo tudi cikličnih nukleotidi. Medtem, ko je bila vloga sekundarnega obveščevalca, cikličnega diadenozin monofosfata (c-di-AMP) pri L. monocytogenes v zadnjih letih dobro raziskana, pa je bila prisotnost cikličnega digvanozin monofosfata (c-di-GMP) ugotovljena šele nedavno. Med proteini z neznano funkcijo smo s pomočjo orodja BLAST in pregleda literature prepoznali tiste, ki vežejo ciklične nukleotide ali sodelujejo v njihovih signalnih poteh. Identificirali smo tri proteine, ki imajo zanimivo biološko vlogo. Protein Lmo2119 posredno uravnava koncentracijo c-di-AMP, Lmo0131 in Lmo0111 pa sta fosfodiesterazi, ki razgrajujeta c-di-GMP. Prepoznali smo tudi dva proteina (Lmo2462 oziroma DGC in Lmo0740), katerih funkcija je neznana, toda bi lahko imela potencialno vlogo pri vezavi cikličnih nukleotidov, saj tako nakazujejo anotacije v proteinskih bazah oziroma ohranjene proteinske domene in 3D struktura. Za zanesljivejše odgovore, bi bilo funkcijo obeh proteinov potrebno potrditi eksperimentalno.[M. Lovšin]20172017-09-21 07:52:06Delo diplomskega seminarja/zaključno seminarsko delo/naloga95607UDK: 575.112:577.112:579.61:616.092(043.2)VisID: 142202COBISS_ID: 8807801sl