Primerjalna analiza genetskih vzrokov za razvoj kriptorhizma pri sesalcih.Urh, Kristian (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) Hodžić , Alenka (Komentor) nespuščeni testisikriptorhizemsesalcigenetski vzrokibioinformatikaKriptorhizem (CO) je urogenitalna anomalija, pri kateri se testis ne spusti skozi ingvinalni kanal v skrotum in se pojavlja tako pri človeku, kot drugih sesalskih vrstah. Povezan je z večjo verjetnostjo razvoja neplodnosti in tumorjev. Večina dosedanjih študij je bila usmerjena v analize posameznih genetskih vzrokov, manj pozornosti pa so raziskovalci posvetili urejanju podatkov ter bioinformacijskim analizam za identifikacijo zanesljivejših kandidatnih biooznačevalcev. Naloga je sestavljena iz treh sklopov: dopolnitev podatkovne zbirke lokusov za CO, bioinformacijske in eksperimentalne analize. Zbirka vsebuje 487 lokusov iz osmih sesalskih vrst, razporejenih glede na klinični podtip CO. Za človeka smo razvili obrazec za standardizacijo poročanja povezav med lokusi in CO v znanstveni literaturi. Izvedli smo tri bioinformacijske analize. Z identifikacijo najmanjših regij prekrivanja (angl. smallest region of overlap; SRO) smo določili 18 SRO-jev, ki vsebujejo 927 genov, od tega 60 genov za CO pri človeku in štiri pri drugih vrstah živalih. Razvili smo nov študijski pristop, ki smo ga poimenovali določanje SRO-jev na ravni celotnega genoma (angl. genome wide screening for SROs; GW-SROs). V obogatitveni analizi bioloških poti z orodjem DAVID smo na osnovi 281 genov za CO pri človeku določili 63 značilnih bioloških poti. V analizi interakcij med proteini z orodjem STRING smo določili pet modulov. V rezultatih vseh treh bioinformacijskih analiz se nahajajo štirje geni, ki so lahko zanesljivejši kandidati za CO. Z metodo aCGH smo identificirali 23 različic v številu kopij (CNV) v slovenski populaciji preiskovancev s CO in/ali neplodnostjo. V magistrskem delu smo z uporabo različnih pristopov analizirali povezave med genotipom in CO ter izpostavili kandidatne biooznačevalce za CO. Na podlagi rezultatov te študije bo v prihodnosti možno dodatno zožiti SRO-je, določiti nove kandidatne funkcionalne module za CO, in jih eksperimentalno preveriti pri človeku in ostalih vrstah sesalcev.[K. Urh]20172017-09-21 07:52:01Magistrsko delo/naloga95606UDK: 601.4:577.21:616.681:575.112(043.2)VisID: 142203COBISS_ID: 8810105sl