Analiza izražanja genov proteasoma in imunoproteasoma v različnih celičnih modelihŠtrigl, Kaja (Avtor) Mlinarič-Raščan, Irena (Mentor) Šmid, Alenka (Komentor) proteasom imunoproteasom izražanje genov interferon-gama imunski odzivPatologija kroničnih, nevrodegenerativnih in malignih obolenj je povezana z molekulami proteasoma in imunoproteasoma, ki so predmet raziskav kot tarče za nove terapevtske pristope. Proteasomi imajo velik pomen za uravnavanje znotrajceličnih funkcij in funkcij imunskega sistema, saj razgrajujejo regulatorne proteine in proizvajajo antigenske peptide za predstavitev imunskim celicam. Namen našega dela je bil ovrednotiti izražanje genov, ki kodirajo podenote proteasoma in imunoproteasoma. Želeli smo doprinesti k razumevanju funkcij proteasoma in imunoproteasoma ter tudi na izbrani celični liniji Thp1 analizirati izražanje genov po tretmaju z interferonom-γ, saj predhodne študije dokazujejo, da inducira izražanje imunoproteasomskih podenot. Eksperimentalno delo smo opravili na 16 vzorcih, ki so zajemali imunske celice in celice drugih tkiv. Za proučevanje izražanja genov smo uporabili metodo qPCR, ki smo jo morali najprej optimizirati, nato pa smo z njo izmerili izražanje preiskovanih genov ter s pomočjo standardne krivulje izračunali relativno koncentracijo mRNA posameznega gena v vzorcih. Vsak gen za posamezni vzorec smo normalizirali na dva referenčna gena (GUSB, RPLP0), ki smo jih predhodno izbrali s pomočjo algoritma NormFinder®, ki izračuna koeficient stabilnosti kandidatnih genov. Analizirali smo nivo izražanja genov, ki kodirajo podenote proteasoma β1 (PSMB6), β2 (PSMB7) in β5 (PSMB5) ter genov, ki kodirajo podenote imunoproteasoma β1i (PSMB9), β2i (PSMB10) in β5i (PSMB8). Ugotovili smo statistično značilno večje izražanje genov, ki kodirajo podenote imunoproteasoma pri imunskih celicah, medtem ko je bilo izražanje genov, ki kodirajo podenote proteasoma pri imunskih celicah nižje. Največje statistično značilno izražanje genov, ki kodirajo podenoti proteasoma β1 in β2 je bilo pri celicah Jurkat (akutna T celična levkemija). Pri celicah Thp1 je prišlo do najmanjšega izražanja genov, ki kodirajo podenoto proteasoma β1. Pri imunoproteasomu je prišlo do najvišjega izražanja genov, ki kodirajo podenoto β1i v limfoblastoidni celični liniji LCL5. Pri podenoti β5 je prišlo v primerjavi s podenoto β5i do statistično značilnega večjega izražanja genov v imunskih celicah in tudi pri celicah drugih tkiv (HepG2). Izražanje genov, ki kodirajo β5i podenoto je bilo največje pri celični liniji NCTC2544, najmanjše pa pri celični liniji MCF7. Zanimalo nas je tudi, kako vnetni faktor interferon-γ za katerega je dokazano, da poveča izražanje genov, ki kodirajo podenote imunoproteasoma, vpliva na izražanje genov pri izbrani imunski celični liniji Thp1. Zato smo nazadnje celice tretirali v različnih časovnih okvirjih (24, 48 in 72 ur) ter nato primerjali tretirane in netretirane celice. Naš rezultat je pokazal, da se po tretmaju (72 ur) statistično značilno poveča izražanje genov, ki kodirajo podenoto β1. Spremembe v izražanju za podenoti β2 in β5 pa statistično niso bile značilne v primerjavi s kontrolno skupino. Ugotovili smo, da je imel tretma celic z interferonom-γ večji učinek na izražanje genov, ki kodirajo vse podenote imunoproteasoma (β1i, β2i in β5i). Dokazali smo, da obstajajo statistično značilne razlike med tretiranimi in netretiranimi celicami.[K. Štrigl]20162016-04-08 18:41:40Magistrsko delo/naloga81484UDK: 577:616-097(043.3)COBISS_ID: 4042353sl