Implementacija metode asimetričnega srednjega drevesa za iskanje konsenza filogenetskih drevesSOBAN, URBAN (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) konsenzdrevofilogenetikaasimetrično srednje drevoBiopythonRobinson-Fouldsova meraFilogenetsko drevo prikazuje evolucijska razmerja med taksonomskimi enotami. Danes jih gradimo programsko z uporabo različnih metod in na podlagi različnih virov podatkov (npr., zaporedja DNA ali RNA). To mnogokrat privede do nasprotujočih si evolucijskih hipotez, ki jih nato skušamo združiti v eno samo hipotezo oziroma konsenzno drevo. V diplomskem delu je obravnavana konsenzna metoda asimetričnega srednjega drevesa. Le-ta in še dve aproksimacijski metodi so bile implementirane v odprtokodnem paketu Biopython. Uspešnost metode asimetričnega srednjega drevesa je bila primerjana z uspešnostjo metod za gradnjo striktnega, večinskega in Adamsovega konsenza, na nekaj umetnih in enem dejanskem primeru. Pridobljena drevesa so bila ovrednotena z uporabo Robinson-Fouldsove mere in mere razrešenosti drevesa. Asimetrično srednje drevo je velikokrat najmanj podobno vhodnim drevesom, a hkrati najbolj razrešeno drevo, saj podaja največ informacije o evolucijskih razmerjih med taksonomskimi enotami.20142014-09-17 14:35:04Diplomsko delo/naloga29476VisID: 14329COBISS_ID: 1536122051sl