Modeliranje 3D struktur interakcij med proteini in RNAČopar, Andrej (Avtor) Curk, Tomaž (Mentor) bioinformatikainterakcije protein-RNAstrukturna analizanapovedni modelkombinatorična optimizacijaumestitev molekulračunalništvoračunalništvo in informatikamagisterijiInterakcije med proteini in RNA imajo ključno vlogo pri velikem številu celičnih procesov. Eksperimentalna analiza 3D struktur molekul je počasna in zahtevna, zato obstaja velika potreba po računskih metodah, ki uspešno napovedujejo mesta ter strukturo molekul v interakciji. V magistrskem delu smo definirali vrsto značilk, ki opisujejo lokalne lastnosti interakcij protein-RNA, na podlagi podatkov o 3D strukturah molekul protein-RNA. Razvili smo metodo, ki združuje strojno učenje in optimizacijski postopek za napovedovanje mesta interakcij med proteinom in RNA. Napovedi strojnega učenja se uporabijo za določanje začetnega stanja optimizacije. Optimizacijski postopek nato uporabi ocenjevalne funkcije osnovane na porazdelitvi 3D strukturnih značilk in tako predlaga najverjetnejšo pozicijo molekule RNA. Predlagani napovedni model dosega natančnost, ki je primerljiva z uspešnostjo najboljših obstoječih metod.A. Čopar20142014-09-04 19:15:00Magistrsko delo/naloga29433VisID: 14086COBISS_ID: 1536019139sl