Bioinformacijska funkcionalna analiza genov v ohranjenih regijah pri sesalcihKuhar, Nika (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) vzročne različicebolezninukleotidna poravnavaohranjene regijepodatkovne zbirkeEvolucijsko ohranjene genomske regije so deli genoma, katerih zaporedje se je skozi evolucijo med različnimi vrstami ohranilo v veliki meri nespremenjeno, kar nakazuje na njihov pomemben biološki pomen. Namen magistrskega dela je bil analizirati izbrane ohranjene genomske regije pri človeku, opredeliti gene, ki se v njih nahajajo, ter ovrednotiti njihove biološke funkcije, povezave z monogenskimi boleznimi ali drugimi fenotipi, ki vplivajo na razvoj, preživetje ali osnovne biološke procese. V analizo smo vključili 20 izbranih ohranjenih genomskih regij CE (angl. constrained elements) in sicer 10 najdaljših in 10 z najvišjimi vrednostmi evolucijske ohranjenosti GERP (angl. genomic evolutionary rate profiling). Z uporabo orodij Ensembl, NCBI in STRING smo opredelili gene, ki vsebujejo regije CE, ter njihove biološke funkcije, povezave z monogenskimi boleznimi pa smo preverili v podatkovnih zbirkah OMIM in ClinVar. Za vzročne različice, povezane z monogenskimi boleznimi, smo preverili tudi vrednosti GERP, pri izbranih različicah pa dodatno izvedli večvrstne poravnave genomov 92 vrst sesalcev. Iz zbirke MGD smo pridobili informacije o funkciji genov in njihovi povezanosti z letalnostjo. Analizirane regije CE se nahajajo v 17 genih, ki so vključeni predvsem v delovanje živčevja in mišic, razvoj organizma, uravnavanje izražanja genov ter celične procese, kot sta znotrajcelični transport in signalizacija. V genih VPS13D, TTN, MYORG, KMT2A, SACS in EXT1 se nahajajo vzročne različice, povezane z različnimi monogenskimi boleznimi. Nukleotidne poravnave so pri izbranih različicah pokazale dobro ujemanje zaporedij med vrstami sesalcev. Za 12 od 17 analiziranih genov je bila v predhodnih študijah pokazana letalnost pri miših. Rezultati kažejo, da se analizirane regije CE prekrivajo z geni, pomembnimi za različne temeljne biološke procese, pri nekaterih genih so bile ugotovljene tudi povezave z boleznimi in preživetjem organizma. Rezultati lahko v prihodnje prispevajo k boljšemu razumevanju funkcionalnega pomena CE regij ter olajšajo prepoznavanje potencialno pomembnih genov in različic.20262026-11-08 07:15:51Magistrsko delo/naloga190939VisID: 303057sl