Ugotavljanje plazmidnega prenosa genov za karbapenemaze pri izbranih vrstah enterobakterij s sekvenciranjem celotnega genomaŠink, Klara (Avtor) Pirš, Mateja (Mentor) Triglav, Tina (Komentor) enterobakterijekarbapenemazeplazmidni prenosisekvenciranje celotnega genomaIlluminaNanoporebioinformacijska analizaV raziskavi smo analizirali dobro opredeljene seve enterobakterij, ki izločajo karbapenemaze (CPE) različnih vrst, osamljene pri posameznih bolnikih. S sekvenciranjem celotnega genoma smo natančneje opredelili plazmidno kodirane karbapenemaze. Sekvenciranje smo izvedli s platformama za sekvenciranje s kratkimi odčitki (Illumina, Združene države Amerike) in z dolgimi odčitki (Oxford Nanopore Technologies, Združeno kraljestvo). Z bioinformacijskimi orodji smo opredelili morebitne plazmidne prenose med različnimi vrstami CPE ter primerjali uporabnost obeh platform za določanje plazmidnih prenosov. Pri izolatih enterobakterij Escherichia coli, Citrobacter spp., Klebsiella pneumoniae in K. quasipneumoniae smo dokazali prisotnost plazmidov z geni za karbapenemaze blaOXA-48, blaOXA-181 in blaVIM-1. Sekvenciranje z dolgimi odčitki se je izkazalo kot zanesljivejše za dokazovanje plazmidov, saj smo z njim pridobili sklenjene krožne plazmide iz enega kontiga. Pri sekvenciranju s kratkimi odčitki so se v nekaj primerih pokazale težave z nezmožnostjo določitve lokacije gena za karbapenemaze ter razdrobljenostjo sekvenc, kar je vodilo v napačno sestavljanje plazmidov. Pri bolnikih, kjer smo imeli na voljo dovolj kakovostne podatke za preučevanje plazmidnih prenosov, smo na podlagi podatkov sekvenciranja z dolgimi odčitki ugotovili, da je najverjetneje prišlo do horizontalnega prenosa plazmidov z geni za karbapenemaze med različnimi vrstami enterobakterij. Prenosa nismo dokazali pri dveh izolatih dveh različnih bolnikov.[K. Šink]20262026-10-03 07:15:12Magistrsko delo/naloga189307UDK: 579.61:575.112VisID: 298212COBISS_ID: 293694979sl