Študija viroma invazivnega signalnega raka - optimizacija priprave vzorcev za detekcijo virusnih sekvencCapan, Lucija (Avtor) Bačnik, Katarina (Mentor) signalni rakihepatopankreasviromRNA virusibioinformatikaRaki imajo pomembno vlogo v sladkovodnih ekosistemih in sodijo med najuspešnejše invazivne vrste, vendar njihovi patogeni, vključno z virusi, ostajajo slabo raziskani. V magistrskem delu smo preučevali virom invazivnega signalnega raka (Pacifastacus leniusculus) ter vpliv različnih načinov priprave vzorcev hepatopankreasa na zaznavo virusnih zaporedij z uporabo visokozmogljivega sekvenciranja. Vzorci so bili odvzeti na štirih lokacijah vzdolž gradienta invazije v reki Korani. Primerjali smo vpliv dveh načinov izolacije ribonukleinskih kislin (RNA), in sicer z uporabo kompleta RNeasy Lipid Tissue Mini Kit (MiniKit) in reagenta TRIzol™, vpliv dveh različnih osnov za homogenizacijo ter pripravo knjižnic z odstranitvijo ribosomalne RNA (rRNA) in brez nje. Poleg tega smo virusne delce v delu vzorcev koncentrirali z ultracentrifugiranjem. Po sekvenciranju s platformo Illumina smo podatke analizirali z bioinformatskimi pristopi, ki so vključevali kontrolo kakovosti, de novo sestavljanje, taksonomsko opredelitev in filogenetske analize. Rezultati so pokazali, da priprava vzorcev vpliva na zaznavo virusnih zaporedij, pri čemer je odstranitev rRNA povečala njihov relativni delež v sekvenčnih podatkih. Ultracentrifugiranje v našem primeru ni izboljšalo zaznave virusnega materiala. V vzorcih smo zaznali zaporedja znanih virusov signalnega raka ter potencialno nova pikorna-podobna virusna zaporedja. S signalnim rakom povezan totivirusom podoben virus 1 (SCaTlV1) smo potrdili na vseh lokacijah, s signalnim rakom povezan reovirusom podoben virus 1 (SCaRlV1) in s signalnim rakom povezan hepevirusom podoben virus 1 (SCaHlV1) pa na treh lokacijah, ne pa tudi na fronti invazije. Rezultati kažejo, da je virom signalnega raka raznolik ter da se njegova sestava razlikuje glede na lokacijo vzorčenja, zaznava virusnih zaporedij pa je odvisna tudi od priprave vzorcev.[L. Capan]20262026-09-09 07:17:22Magistrsko delo/naloga187069UDK: 595.384.31:578(043.2)VisID: 287556COBISS_ID: 290450179sl