Prepoznavanje DNA s ponovitvami TCGCTCCC z nanotelesom iMbodyLenart, David (Avtor) Lah, Jurij (Mentor) i-motivnekanonične strukture DNAnanotelo iMbodycirkularni dikroizemizotermna titracijska kalorimetrijaI-motivi so štiriverižne nekanonične strukture DNA, ki nastanejo iz s citozini bogatih zaporedij in jih stabilizirajo hemiprotonirani bazni pari citozin-citozin+. Imajo biološke funkcije pri uravnavanju prepisovanja genov, vključno s številnimi onkogeni, zaradi česar je zanesljiva detekcija i-motivov ključna, a doslej temelji pretežno na protitelesu iMab in njegovi novejši alternativi nanotelesu iMbody. V nedavnih študijah pa se je pojavil dvom o njuni strukturni specifičnosti. V diplomskem delu smo proučili interakcijo nanotelesa iMbody z modelnim DNA oligonukleotidom s ponovitvami TCGCTCCC, imenovanim VK2c, v pogojih, kjer je ta zvit v i-motiv in v pogojih, kjer je razvit. Strukturo DNA smo spremljali s cirkularno dikroično (CD) spektroskopijo, vezavo pa termodinamsko ovrednotili z izotermno titracijsko kalorimetrijo (ITC), oboje v acetatnem pufru pri pH 5 in v fosfatnem pufru pri pH 7. S pH titracijo v obeh smereh smo potrdili, da VK2c pri pH 5 zavzame značilno strukturo i-motiva, pri pH 7 pa je pretežno razvit, tako da izbrani pH vrednosti dobro predstavljata obe stanji. ITC je pokazala eksotermno, entalpijsko gnano vezavo pri obeh vrednostih pH, s konstanto disociacije 7,7 nM pri pH 5 in 471 nM pri pH 7 ter približno trikrat večjo navidezno stehiometrijo pri pH 7. CD spektri kompleksov nanotelesa in oligonukleotida niso bili aditivni, odstopanje pri pH 5 pa je bilo bistveno večje kot pri pH 7; spekter se ob prebitku nanotelesa ni pomikal proti razviti obliki, temveč nasprotno, k daljšim valovnim dolžinam. Nanotelo iMbody torej i-motiv prepozna prednostno, ne pa izključno, zaradi česar samo po sebi ni zanesljivo orodje za strukturno detekcijo i-motivov.20262026-09-04 10:00:04Diplomsko delo/naloga186723VisID: 26145sl