Izboljšanje ekstrakcije DNA iz biopsij možganskih tumorjev za doseganje natančnejše diagnozePetko, Dominik (Avtor) Novak, Metka (Mentor) Bogožalec Košir, Alexandra (Komentor) biologijaekstrakcija DNAmožganski tumorkvantifikacija DNAdigitalna PCRV magistrskem delu smo ovrednotili ter primerjali različne metode ekstrakcije ter kvantifikacije DNA iz sveže zamrznjenih in FFPE tumorskih vzorcev možganskega tumorja glioblastoma z namenom vzpostavitve standardiziranega pristopa k boljši molekularni diagnostiki. DNA smo ekstrahirali z uporabo kompletov Qiagen AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kit, Qiagen QIAamp DNA FFPE Kit, PROMEGA Maxwell RSC Whole Blood DNA Kit in PROMEGA Maxwell RSC DNA FFPE Kit. Količino izolirane DNA smo določili s spektrofotometrično metodo (NanoDrop), fluorimetrično metodo (Qubit), avtomatizirano elektroforezo (TapeStation) ter digitalno PCR kot referenčno metodo. Rezultati so pokazali razlike v izkoristku DNA med ekstrakcijskimi metodami, določitvi koncentracije DNA med kvantifikacijskimi metodami, ter velik pomen tipa vhodnega materiala. Sveže zamrznjeni vzorci so omogočili izolacijo DNA višje integritete ter višje koncentracije, medtem ko je izkoristek pri vzorcih FFPE bil manjši, z večjo prisotnostjo nečistoč. NanoDrop je večinsko podajal meritve z višjimi koncentracijami DNA, medtem ko je Qubit zagotavljal bolj konsistentne meritve in praviloma določal nižje koncentracije DNA kot NanoDrop. TapeStation pa je bil uporaben predvsem kot dopolnilna metoda pri oceni integritete DNA. dPCR je najbolj robustna metoda za absolutno kvantifikacijo DNA. Rezultati potrjujejo, da univerzalne metode ni ter kažejo na pomen kombinacije optimiziranih ekstrakcijskih postopkov in kvantifikacijskih metod za boljšo podporo diagnostičnim analiznim postopkom v klinični praksi.[D. Petko]20262026-08-20 07:15:23Magistrsko delo/naloga185752UDK: 616.714.1-006:577.2(043.2)VisID: 285216COBISS_ID: 288289283sl