Določanje spektra delovanja fagno kodiranega bakteriocina sublancina in primerjava z obsegom gostiteljev faga SPꞵPuhan, Nina (Avtor) Dragoš, Anna Magdalena (Mentor) Bacillus subtilistemperirani bakteriofagiSPβbiosintetske genske gručeobčutljivostbakteriocinsublancinspekter delovanjapresejalni testLizogeni (ali temperiran) fagi so sposobni specifično ali nespecifično integrirati svoj genomski zapis v gostiteljevega, medtem ko litični fagi takoj inducirajo hitro pomnoževanje fagov ter uničenje gostiteljske celice. Za lizogene fage je tako značilen vertikalni prenos, ki pomeni, da se fagni dedni material podvojuje skupaj z gostiteljskim. Z integracijo v bakterijski genom postane t. i. profag, ki se podvojuje skupaj z dednim materialom gostitelja, pri čemer bakterije ne lizira. Vzpostavi se dolgoročna dinamika med profagom in bakterijo, pri čemer je v ospredju preživetje bakterije. Bakteriofag SPβ ima 134 kbp dolg genom, ki vsebuje tudi biosintetsko gensko gručo (ang. biosynthetic gene cluster ali BGC, slov. biosintetske genske gruče ali BGG). BGG vsebujejo zapise za proteine in encime, ki omogočajo sintezo specializiranih metabolitov, ki lahko bakterijskemu gostitelju koristijo na različne načine. Znotraj fagnih genomov so BGG izjemno redke in po večini kodirajo zapise za bakteriocine. Ker ti bakteriji omogočajo, da z njimi lizira ozko sorodne seve in s tem zmanjša kompeticijo, sem se v magistrski nalogi posvetila raziskovanju hipoteze, da se gostiteljski razpon Bacillus subtilis bakteriofaga SPβ ne prekriva s spektrom delovanja sublancina. Bakterijo B. subtilis najdemo v prsti, na rastlinah in v prebavilih sesalcev. Cilj te naloge je bil razviti metodo, s katero bi lahko presejali veliko število sevov bakterije B. subtilis v enem poskusu in določili, ali je bakterija občutljiva za sublancin ali ne, hkrati pa rezultat kvantificirali. Za razvoj metode sem uporabila sev MB8_B7, ki je izolat iz prsti in že vsebuje fag SPꞵ. Bakteriofag SPβ s produkcijo sublancina povzroči inhibicijo rasti občutljivih sevov (brez BGG, znotraj katerega se nahaja tudi gen za odpornost), saj inhibira DNA replikacijo, transkripcijo in mRNA translacijo. Za primerjavo med gostiteljskim razponom bakteriofaga in spektrom delovanja sublancina sem testirala izolate B. subtilis in ostale ozkosorodne seve, ki so izhajali iz zbirk na Katedri za mikrobno ekologijo in fiziologijo, in sicer iz ene od zbirk izolatov iz brega reke Save, iz zbirke izolatov iz cvetnega prahu, zbirke puščavskih sevov, sevov iz Danske in ostalih. Rezultati so pokazali, da se spektra delovanja sublancina in faga SPβ ne prekrivata. Večina sevov je bila odpornih proti fagu, a občutljivih za sublancin, medtem ko je bil le en sev občutljiv za fag in neobčutljiv za sublancin. Kar nekaj sevov je bilo neobčutljivih tako za fag kot sublancin, kar nakazuje na možno prisotnost profaga ali sorodnih elementov v genomu.[N. Puhan]20262026-07-23 07:15:21Magistrsko delo/naloga185105UDK: 579.25:578.347VisID: 282227COBISS_ID: 285774083sl