Novi molekulski označevalci za prepoznavanje virov fekalnega onesnaženja vodeŽlender, Tanja (Avtor) Rupnik, Maja (Mentor) črevesna mikrobiotafekalno onesnaženježivaliPCRoznačevalciDoločanje vira fekalnega onesnaženja je ključno za učinkovito upravljanje vodnih virov, saj omogoča usmerjene sanacijske ukrepe in s tem preprečevanje širjenja bolezni. Izvor fekalnega onesnaženja vode lahko določimo na podlagi zaznavanja za gostiteljevo mikrobioto specifičnih molekularnih označevalcev. Cilj naše raziskave je bil razviti nove teste, s katerimi bi lahko določali živalske vire onesnaženja. S tem namenom smo na območju Slovenije zbrali več kot 700 vzorcev iztrebkov živali, gnoja, gnojevke in gnojnice iz več kot 50 živalskih vrst. Iz vzorcev smo izolirali celokupno DNK in sekvencirali V3–V4 hipervariabilno regijo gena za 16S rRNK. Razvili smo bioinformacijsko orodje MicrobiomePrime za avtomatizirano načrtovanje oligonukleotidov, ki z visoko občutljivostjo in specifičnostjo pomnožujejo za gostitelja specifične označevalce. Z njim smo uspešno oblikovali teste PCR za zaznavanje govejih, prašičjih in pasjih iztrebkov ter iztrebkov nutrije. Dodatno smo oblikovali teste PCR za zaznavanje govejega in prašičjega gnoja, gnojevke in gnojnice. Pri tem je šest od devetih izbranih testov PCR pri testiranju na petih do desetih naključno izbranih vzorcih doseglo 100 % občutljivost, pri osmih pa je bila specifičnost ≥ 90 %, kar nakazuje na njihovo visoko zanesljivost. Preizkus testov na okoljskih vzorcih vode je pokazal, da le-ti smiselno dopolnjujejo obstoječe metode za diagnostiko vira fekalnega onesnaženja in ne dajejo lažno pozitivnih rezultatov v okolju brez pričakovanega onesnaženja.[T. Žlender]20262026-05-29 07:15:23Doktorsko delo/naloga182940UDK: 579.6:628.19VisID: 279848COBISS_ID: 279777283sl