Bioinformatična analiza rezultatov sekvenciranja naslednje generacije in analiza segregacije sprememb v genih CDON, CEP290, CFTR, CNTNAP2, NOTCH2 in TRPS1 v družinah z orofacialno shizoJanža, Zala (Avtor) Karas Kuželički, Nataša (Mentor) Urbančič, Dunja (Komentor) orofacialne shizegenetske spremembebioinformatična analizagenotipizacijaštudija družinOrofacialne shize so najpogostejše prirojene nepravilnosti glave in vratu. Pojavijo se zgodaj v embrionalnem razvoju in se običajno delijo v dve večji skupini: razcep ustnice z ali brez razcepa neba in izoliran razcep neba. Posamezniki z orofacialnimi shizami se poleg estetskih težav pogosto soočajo s funkcionalnimi težavami, kot so težave pri hranjenju in govoru. Orofacialne shize so kompleksne prirojene nepravilnosti in čeprav se lahko pojavijo kot posledica monogenskih sprememb, so pogosteje multifaktorskega izvora, pri čemer na njihov razvoj vpliva kombinacija genetskih in okoljskih dejavnikov. V magistrski nalogi smo poskušali poiskati genetske vzroke za orofacialne shize v 25 družinah z družinsko anamnezo orofacialnih shiz neznanega vzroka. Pridobili smo podatke sekvenciranja celotnega eksoma za 28 indeksnih bolnikov z orofacialno shizo. Najprej smo z bioinformatično analizo rezultatov sekvenciranja celotnega eksoma v 40 kandidatnih genih preverjali genetske spremembe, ki bi lahko vplivale na pojav orofacialnih shiz. Skupno smo preverili 400 sprememb, pri čemer smo patološki potencial najdenih sprememb opredelili z orodjem Franklin (Genoox) glede na kriterije Ameriškega kolegija za medicinsko genetiko in genomiko. Med pregledanimi genetskimi polimorfizmi smo identificirali 55 sprememb nejasnega pomena, 4 so bile verjetno patogene, 2 spremembi pa sta bili patogeni. Prisotnost verjetno patogenih in patogenih sprememb pri indeksnih bolnikih in njihovih prizadetih in neprizadetih sorodnikih smo nato potrjevali z genotipizacijo s hidrolizirajočimi sondami ali s sekvenciranjem po Sangerju. Dodatno smo potrjevali še prisotnost dveh sprememb v genih NOTCH2 in TRPS1, ki so jih identificirali predhodno v sklopu magistrske naloge. Za spremembo rs376493409 v genu CEP290 smo dokazali, da bi lahko segregirala z bolezenskim fenotipom. Za spremembo rs73715573 v genu CFTR segregacije z bolezenskim fenotipom nismo mogli ne potrditi in ne ovreči. Za spremembi rs113993960 v CFTR in rs374564199 v CDON smo potrdili, da v pripadajočih družinah ne segregirata z bolezenskim fenotipom. Prisotnosti delecij v genih CEP290, CNTNAP2, NOTCH2 in TRPS1 pri indeksnih bolnikih in njihovih sorodnikih nismo potrdili. V genih CEP290, CFTR in NOTCH2 smo neodvisno od sekvenciranja celotnega eksoma odkrili še tri spremembe, ki pa naj bi bile benigne oz. verjetno benigne.[Z. Janža]20262026-05-12 08:45:24Magistrsko delo/naloga182445UDK: 616.315‑007.254(043.2)VisID: 125314COBISS_ID: 277983747sl