Bioinformatična analiza rezultatov sekvenciranja naslednje generacije in analiza segregacije sprememb v genih BMPR1B, COL11A1 in MCPH1 v družinah z orofacialno shizoPotočnik, Aljaž (Avtor) Karas Kuželički, Nataša (Mentor) Urbančič, Dunja (Komentor) orofacialne shizegenetske spremembebioinformatična analizaanaliza segregaciještudija družinOrofacialne shize (OFC) so ena najpogostejših prirojenih nepravilnosti obraza na svetu, ki se lahko klinično izrazijo kot razcep ustnice, čeljustnega grebena in/ali neba ter imajo tudi genetsko predispozicijo. Ločimo nesindromske oblike, za katere so značilni izolirani razcepi ustnice in/ali neba brez pridruženih drugih anomalij obraza in/ali drugih organskih sistemov, ter sindromske oblike, ki so redkejše in pri katerih se poleg shize pojavljajo še druge razvojne nepravilnosti. Predstavljajo velik javnozdravstveni problem zaradi relativno visoke prevalence, dolgotrajnega zdravljenja in vseh posledic, ki jih povzročajo prizadetim posameznikom in njihovim družinam. Namen magistrske naloge je bil identifikacija genetskih sprememb, ki bi lahko pojasnile pojav OFC. Na Univerzi v Ljubljani, Fakulteti za farmacijo so v okviru študije iskanja genetskih dejavnikov tveganja za OFC izvedli sekvenciranje celotnega eksoma 28 indeksnih bolnikov iz 25 družin z družinsko anamnezo OFC, pri katerih do sedaj še niso odkrili vzroka anomalije. V okviru magistrske naloge smo pri indeksinh bolnikih pregledali 30 kandidatnih genov na prisotnost potencialno patogenih genetskih sprememb, določenih s sekvenciranjem celotnega eksoma. S pomočjo bioinformatičnih orodij smo analizirali sledeče kandidatne gene: BANF1, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BCOR, BCS1L, BEST, BLM, BMP1, BMPER, BMPR1A, BMPR1B, BRAF, BUB1B, C12orf57, C15orf41, C5orf42, C6, CACNA1C, CAMK2G, CANT1, CAPN5, CASK, CASP7. Z modeli in silico smo želeli določiti, ali je katera od genetskih sprememb prepoznana kot verjetno patogena ali patogena po klasifikaciji Ameriškega kolegija za medicinsko genetiko in genomiko. Pri dveh bolnikih smo odkrili eno verjetno patogeno spremembo v genu BMPR1B, ki smo jo v nadaljevanju potrjvali s sekvenciranjem po Sangerju pri obeh bolnikih s to spremembo in njunih zdravih in prizadetih sorodnikih. Dodatno smo potrjevali še tri spremembe v genih COL11A1 in MCPH1, ki so bile kot verjetno patogene ali patogene že predhodno identificirane z bioinformatičnimi orodji v okviru te študije. Pri družini OFC_059 smo potrdili, da drugačnosmiselna sprememba v genu COL11A1 segregira z bolezenskim fenotipom, kar nakazuje na njeno verjetno vlogo pri pojavu OFC v tej družini. V preostalih družinah povezave nismo uspeli enoznačno dokazati. V nekaterih primerih spremembe niso bile zaznane ali niso dosledno segregirale z bolezenskim fenotipom, v enem primeru pa je bila možna razlaga z nepopolno penetranco, kar zmanjšuje verjetnost, da bi obravnavane variante predstavljale glavni vzročni dejavnik OFC v teh družinah.20262026-04-17 08:45:06Magistrsko delo/naloga181866VisID: 125016sl