Optimizacija in validacija PCR v realnem času za diagnostiko garij pri človekuValas, Rebecca (Avtor) Šoba Šparl, Barbara (Mentor) Glinšek Biškup, Urška (Komentor) garjeSarcoptes scabieiPCR v realnem časudiagnostikavalidacijaoptimizacijamolekularne metodeGarje so nalezljiva parazitska bolezen kože, ki jo povzroča pršica Sarcoptes scabiei, za katero hkrati trpi več kot 200 milijonov ljudi po vsem svetu. Kljub široki razširjenosti bolezni je njena diagnostika pogosto zahtevna, saj je pri mikroskopskem pregledu skarifikatov kože bolnikov s sumom na okužbo, ki velja za diagnostični zlati standard, v vzorcih pogosto prisotno majhno število pršic. Namen magistrskega dela je bil optimizirati in validirati verižno reakcijo s polimerazo (PCR) v realnem času za ugotavljanje DNK pršice S. scabiei v kožnih vzorcih bolnikov, s čimer bi želeli zagotoviti zanesljivejšo diagnostiko garij. Ovrednotili smo dva različna testa PCR v realnem času, in sicer za pomnoževanje mitohondrijskega gena za podenoto 1 citokrom c oksidaze (cox1) in tandemske ponovitve SSR6. Optimizacija je vključevala prilagoditev koncentracij začetnih oligonukleotidov in sond, s čemer smo dosegli visoko učinkovitost reakcij. Validacija, opravljena v skladu s standardom ISO 15189:2022 in uredbo IVDR 2017/746, je zajemala preverjanje ponovljivosti, obnovljivosti, analitske občutljivosti, analitske specifičnosti ter diagnostične specifičnosti in občutljivosti. Test za tarčni gen cox1 je pokazal višjo analitsko občutljivost, medtem ko je bil test za tandemsko ponovitev SSR6 bolj obnovljiv. Diagnostično specifičnost in občutljivost testov smo določili na podlagi testiranja 207 mikroskopsko pregledanih vzorcev skarifikatov kože. V primerjavi z mikroskopijo PCR v realnem času ni dal lažno pozitivnih rezultatov, medtem ko je zaznal 94,44 % mikroskopsko pozitivnih vzorcev.[R. Valas]20262026-03-29 07:15:41Magistrsko delo/naloga181262UDK: 579.61:616-078:616.993VisID: 279248COBISS_ID: 273498883sl