Fenotipska in genetska opredelitev bakterij Escherichia marmotaeDerenčin, Miha (Avtor) Ambrožič Avguštin, Jerneja (Mentor) escherichia marmotaeklad Vsekvenciranje celotnega genomafilogenetsko drevogeni za dejavnike virulencegeni za odpornost proti protimikrobnim učinkovinamhemolizakolicinihorizontalni prenos genovkraški ekosistemiBlejsko jezeroribniki Opekarnanetopirjevo gvanoklinični izolatiEscherichia marmotae je nedavno opisana bakterijska vrsta, filogenetsko sorodna E. coli, ki je bila prvotno osamljena iz blata himalajskega svizca, kasneje pa odkrita v številnih okoljih in živalskih vrstah. V magistrskem delu smo fenotipsko in genetsko opredelili zbirko izolatov E. marmotae, osamljenih iz različnih ekosistemov po Sloveniji (kraške vode, ribniki Opekarna, Blejsko jezero, netopirjevo gvano in klinični vzorci), ter ovrednotili njihov patogeni potencial in občutljivost za protimikrobne učinkovine. Za razlikovanje bakterije E. marmotae od E. coli smo uporabili kvadrupleks PCR prirejen po Clermontu in sod. (2012), ki se je izkazal za hitro in zanesljivo metodo, kar smo potrdili tudi z analizo zaporedij celotnih genomov. Filogenomska analiza je pokazala, da se izolati le delno združujejo glede na vrsto vzorca in lokacijo vzorčenja, kar kaže na kroženje izolatov med okolji ter potrjuje oportunistično patogenost vrste. Vsi izolati so vsebovali osnovni nabor genov za dejavnike virulence (adhezine, invazine, toksine, dejavnike za odpornost proti komplementu in privzem železa), geni oz. mutacije, povezane z odpornostjo proti protimikrobnim učinkovinam (npr. blaCTX-M-1) so bili prisotni le pri kliničnih izolatih. Dokazali smo, da se konjugativni plazmid z genom blaCTX-M-1 lahko prenaša med izolati vrste E. marmotae in med vrstama E. marmotae ter E. coli. Rezultati kažejo, da predstavlja bakterija E. marmotae okoljski rezervoar potencialno patogenih sevov z bogatim naborom virulentnih dejavnikov in možnostjo širjenja genov za odpornost proti protimikrobnim učinkovinam med sorodnimi bakterijami.[M. Derenčin]20252025-12-17 11:35:04Magistrsko delo/naloga177187UDK: 579.25:579.842.1/.2:577.2VisID: 277575COBISS_ID: 261963779sl