Primerjava pristopov za vrednotenje različnih metod ekstrakcije nukleinskih kislin iz humane celične linije rakaIvanova, Stefanija (Avtor) Milavec, Mojca (Mentor) ekstrakcija DNAkoličina DNA2D in 3D celične kultureglioblastomGenomeMETUstrezna ekstrakcija DNA je bistvena za molekularne raziskave in diagnostiko, saj količina in kakovost DNA vplivata na postopke analize, kot sta sekvenciranje in PCR, ter s tem na zanesljivost rezultatov. Zadostna količina DNA ustrezne kakovosti je še posebej pomembna pri diagnostiki raka, kjer je potrebno zaznati prisotnost označevalcev raka v velikokrat malih vzorcih biopsij. Če je ekstrakcija neustrezna, lahko te redke označevalce spregledamo, kar vodi do napačne diagnoze ali nepravilne ocene učinkovitosti zdravljenja. Kljub temu se pomembnost ekstrakcije DNA še vedno premalo upošteva tako pri diagnostiki kot v predkliničnih raziskavah. V naši raziskavi smo primerjali učinkovitost ekstrakcije DNA iz 2D in 3D celičnih kultur, ki smo jih pripravili iz možganskega raka glioblastoma, z uporabo štirih komercialno dostopnih metod: treh, ki temeljijo na membranah iz silikagela, ter ene, ki uporablja magnetne kroglice. Za oceno količine in kakovosti ekstrahirane DNA smo uporabili tri različne analizne pristope: fluorimetrično tehniko (Qubit), spektrofotometrično tehniko (NanoDrop) ter avtomatizirano kapilarno elektroforezo (TapeStation). Analiza rezultatov, ki je vključevala kvantitativno oceno ekstrahirane DNA in izračun koeficienta variabilnosti, je pokazala, da je komplet DNA Mini (Qiagen) najprimernejša izbira za ekstrakcijo DNA tako iz 2D kot 3D celičnih kultur. Ugotovili smo, da ekstrahirana DNA iz 2D celičnih kultur omogoča boljšo ponovljivost rezultatov med biološkimi ponovitvami v primerjavi s 3D celičnimi kulturami. S spektrofotometrom NanoDrop smo pri vseh vzorcih določili višje povprečne koncentracije DNA v primerjavi s fluorimetrom Qubit in sistemom TapeStation, ne glede na vrsto začetnega vzorca, kar kaže na občutljivost pristopa na prisotnost nečistoč in poudarja pomen izbire ustrezne metode. Naloga je bila izvedena v okviru mednarodnega projekta GenomeMET, katerega namen je razvoj meroslovnih zmogljivosti in vzpostavitev ustreznih meroslovnih okvirov za izboljšanje kakovosti, sledljivosti in ponovljivosti ključnih postopkov v genetskem profiliranju raka.20252025-11-27 12:50:02Magistrsko delo/naloga176303VisID: 24201COBISS_ID: 264116227sl