Biodiverziteta patogenih flavobakterij pri šarenkah (Oncorhynchus mykiss) in dinamika okužb v nekaterih slovenskih ribogojnicahPavlin, Katarina (Avtor) Švara, Tanja (Mentor) Ocepek, Matjaž (Komentor) Flavobacteriummasna spektrometrijaionizacija v matriksu z lasersko desorpcijo – čas preleta ionov (MALDI-TOF MS)sekvenciranje celotnega genoma (WGS)patologijaobčutljivost za protimikrobna zdravilakakovost vodeNamen raziskave je bil preučiti biodiverziteto bakterij iz rodu Flavobacterium in etiologijo flavobakterijskih bolezni pri gojeni šarenki (Oncorhynchus mykiss) v Sloveniji v vseh letnih časih, raziskati vpliv okužbe na zdravje rib s kvalitativno in semikvantitativno oceno patoanatomskih in histopatoloških sprememb, določiti občutljivost flavobakterij za protimikrobna zdravila z uporabo standardizirane mikrodilucijske metode ter analizirati korelacije med temperaturo vode, pH in vsebnostjo raztopljenega kisika ter flavobakterijskimi okužbami. Skupno smo vzorčili 540 šarenk, in sicer v dveh ribogojnicah v okviru longitudinalnega vzorčenja v vseh letnih časih ter v dveh drugih ribogojnicah po prijavi povišanega pogina. V raziskavi smo ugotovili prisotnost znanih patogenov Flavobacterium psychrophilum in Flavobacterium branchiophilum pri 23,7 % oziroma 2,04 % rib ter opisali z okužbo povezane patološke spremembe. Poleg tega rezultati nakazujejo, da lahko vrsti F. hercynium in F. hydatis povzročata patološke spremembe pri ribah. Ugotovili smo tudi številne druge manj znane flavobakterije in identificirali 41 potencialno novih vrst, vendar njihova patogenost še ni pojasnjena. Testiranje protimikrobne občutljivosti (AST) je pokazalo, da so bakterije rodu Flavobacterium večinoma multirezistentne. Visok delež izolatov F. psychrophilum je bil zunaj območja divjega tipa za oksitetraciklin in kinolone; poleg tega so izolati imeli visoke minimalne inhibitorne koncentracije (MIC) za ceftazidim in trimetoprim/sulfametoksazol. Vsi izolati so bili divjega tipa za florfenikol. Manj znane vrste flavobakterij so imele visoke MIC za vsaj tri skupine protimikrobnih zdravil, nekatere pa za vseh deset testiranih učinkovin. Prilagoditev standardizirane metode za F. psychrophilum je omogočila uspešno AST F. branchiophilum in drugih za gojenje zahtevnih flavobakterij. Okužbe s F. psychrophilum so bile statistično značilno povezane s povišanim pH vode na dotoku bazena ter zimskim obdobjem. Nasprotno pa so bile okužbe s F. branchiophilum povezane s povišanimi temperaturami vode, znižanjem raztopljenega kisika na iztoku bazena ter poletnim obdobjem. Raziskava prispeva k boljšemu razumevanju flavobakterijskih okužb v slovenskem ribogojstvu, omogoča oblikovanje premišljenih strategij za zdravljenje in obvladovanje bolezni ter predstavlja osnovo za nadaljnje raziskave biodiverzitete flavobakterij in njihovega vpliva na zdravje rib.20252025-10-02 07:16:05Doktorsko delo/naloga174386VisID: 36351sl