In silico identifikacija potencialnih inhibitorjev ionskega kanala Matrix-2 proteina virusa gripe tipa AVončina, Tim (Avtor) Lukšič, Miha (Mentor) influenca tipa Aprotonski kanal Matrix-2molekulsko sidranjemolekulska dinamikaMM/PBSAVirus influence tipa A (IAV) vsako leto predstavlja resno grožnjo javnemu zdravju. Transmembranski protein AM2 virusa IAV je pomembna tarča protivirusnih zdravil, saj ima ključno vlogo v začetnih fazah razmnoževalnega cikla virusa. Uveljavljena inhibitorja (amantadin, rimantadin), sta zaradi razširjenih mutacij postala neučinkovita, zato se je povečala potreba po iskanju novih potencialnih inhibitorjev. Namen magistrske naloge je bil s pomočjo metod računalniške kemije (molekulsko sidranje, molekulska dinamika, MM/PBSA) identificirati nove potencialne inhibitorje M2 protonskega kanala virusa IAV in oceniti njihovo stabilnost in energijsko ugodnost vezave. V prvem koraku je bila izvedena simulacija molekulske dinamike na predhodno pridobljenih najobetavnejših ligandih (L1-L6) iz podatkovne baze ZINC15. Stabilnost kompleksov protein-ligand je bila ocenjena na osnovi časovne odvisnosti potencialne energije, RMSD, radija sukanja in analize klastrov, medtem ko je bilo število vodikovih vezi, ki jih ligand tvori s proteinom, uporabljeno kot dodaten kriterij specifičnih interakcij. Vezavna prosta entalpija je bila izračunana z metodo MM/PBSA, ki je omogočila oceno celotne proste entalpije vezave in analizo prispevkov posameznih aminokislinskih ostankov proteina AM2. Rezultati so pokazali, da proučevani ligandi tvorijo stabilnejše in energijsko ugodnejše komplekse od referenčnih učinkovin amantadina in rimantadina. Analiza entalpijskih prispevkov posameznih AK ostankov pa kaže, da ostanki Val27, Ala30, Ser31, Ile33, Ala34 in His37 predstavljajo ključna vezavna mesta protivirusnih učinkovin.20252025-09-30 15:20:01Magistrsko delo/naloga174284VisID: 25835COBISS_ID: 258928131sl