Interakcije med proteinom hnRNPH1 in RNA-ponovitvami GGGGCC, značilnih za ALS/FTDTurk, Gašper (Avtor) Rogelj, Boris (Mentor) ALSC9ORF72G-kvadruplekshnRNPH1PABPC1kromatografijamasna spektrometrijatermoforezainterferometrija z biološkimi plastmiAmiotrofična lateralna skleroza (ALS) je smrtonosna nevrodegenerativna bolezen, katere vzrok je lahko ekspanzija heksanukleotidnih ponovitev G4C2 v genu C9orf72. Te ponovitve lahko tvorijo strukture G-kvadrupleksa (GQ). V magistrski nalogi smo želeli raziskati, ali protein hnRNPH1, ki veže RNA, interagira s temi ponovitvami in ali prednostno veže linearne ali GQ strukture. Klonirali in izrazili smo hnRNPH1 in protein PABPC1 v E. coli z uporabo His- in MBP-oznak za čiščenje. Proteine smo očistili z afinitetno in ionsko izmenjevalno kromatografijo, z masno spektrometrijo in prenosom western pa smo izvedli identifikacijo. Za oceno vezave smo uporabili metodo termoforeze na mikroskali (MST) in interferometrijo z biološkimi plastmi (BLI) z DNA- sondami, ki posnemajo ponovitve RNA. MST je pokazal, da se hnRNPH1 veže tako na linearne kot na GQ-oblike, z močnejšo afiniteto za razvito strukturo. Protein PABPC1 pa se z večjo afiniteto veže na nerazvite strukture. Metoda BLI pa potrebuje še dodatno optimizacijo. Naše ugotovitve kažejo, da se protein hnRNPH1 lahko prednostno veže na strukture GQ in jih potencialno razvija, kar lahko pripomore k razumevanju njegove vloge pri patologiji ALS, povezani s C9orf72. Prihodnje delo se bo osredotočilo na testiranje RNA-sond in dodatnih proteinskih konstruktov za nadaljnjo opredelitev te interakcije.[G. Turk]20252025-09-17 07:17:23Magistrsko delo/naloga173383UDK: 616-004:544.17:577.112(043.2)VisID: 264658COBISS_ID: 249242627sl