Vloga aminokislinskega zaporedja pri strukturi proteina na primeru alfa vijačniceAgrež, Tim-David (Avtor) Hribar Lee, Barbara (Mentor) alfa vijačnicestruktura proteinovaminokislinsko zaporedjeV procesu zvijanja protein pridobi nativno strukturo, ki mu omogoča opravljanje bioloških funkcij. Med pomembnejšimi dejavniki tega procesa je tvorba sekundarnih struktur. V nalogi sem iz objavljenih struktur iz podatkovne baze proteinskih struktur pridobil skupino struktur, iz katerih sem osamil zaporedja, ki so bila v strukturah označena kot vijačnice. Tako dobljena zaporedja sem poravnal s programom Clustal omega in pridobil pogoste vzorce, ki tvorijo vijačnice. Na koncu sem preveril, ali se dobljeni vzorci pojavijo v vijačnicah ali neurejenem delu verige tudi pri drugih proteinih in pregledal pogostost pojavnosti v vijačnicah za posamezen vzorec. Izkazalo se je, da je z izbranim pristopom možno dobiti veliko število potencialnih vzorcev, a mnogi v strukturi ne bodo nujno v obliki alfa vijačnic. Tudi za vzorce, ki kažejo nagnjenje do zvijanja v vijačnice, velja, da se tako ne zvijejo vedno in s tem sem pokazal, da proces ni tako nedvoumen, kot bi se zdelo na prvi pogled.20252025-09-10 12:35:00Diplomsko delo/naloga172655VisID: 25567COBISS_ID: 256335363sl