Bioinformacijska analiza genetskih dejavnikov progeroidnih sindromovLikar, Nuša (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) progeroidni sindromistaranjebioinformatikapodatkovna zbirkamreža genom-fenombiološke potimreža proteinskih interakcijgenski skupkiprekrivanje genovfragilne genomske regijeProgeroidni sindromi (PS) so heterogena skupina redkih dednih bolezni s kliničnimi znaki, ki spominjajo na pospešeno staranje, in kot taki predstavljajo uporaben model za razumevanje naravnih degenerativnih sprememb in mehanizmov človeškega staranja. Čeprav naj bi bilo do sedaj opisanih več kot 100 takšnih sindromov, so podatki o njih razpršeni po različnih virih, kar otežuje sintezo znanja in sistematično analizo. Namen magistrske naloge je bil zbrati in sistematično organizirati razpršene podatke o PS in z njimi povezanih genih ter z integrativno bioinformacijsko analizo genetskih dejavnikov poglobiti razumevanje te raznolike skupine motenj. Z vključitvijo podatkov iz 84 publikacij in podatkovne zbirke OMIM smo oblikovali celovito podatkovno zbirko ProGenDB, ki je s 144 geni in skupno 160 kliničnimi entitetami PS po naših podatkih največja objavljena zbirka tovrstnih motenj doslej. Zbrane podatke smo vizualizirali v obliki mreže povezav med genomom in fenomom, s čimer smo ponudili nov vpogled v genetsko in fenotipsko heterogenost PS. Obogatitvena analiza bioloških poti je potrdila, da so geni PS obogateni v bioloških procesih, povezanih z naravnim staranjem, pri čemer so posebej izstopali procesi popravljanja DNA. Mreža proteinskih interakcij (PPI) je razkrila tesen preplet med vpletenimi proteini, identificirani funkcionalni moduli v tej mreži pa so omogočili sistematičen pregled nad motenimi biološkimi procesi PS. Analize centralnosti so v mreži PPI izpostavile ključne tarče za nadaljnje raziskave. Identificirali smo tudi 14 genskih skupkov PS, v katerih so geni na genomu razporejeni v tesni bližini, vključno z dvema paroma prekrivajočih se genov, ter 48 genov PS, lociranih znotraj fragilnih regij genoma – znanih žarišč genomske nestabilnosti – in s tem izpostavili dodatne zanimive regije za nadaljnje analize. Naša raziskava predstavlja temelje za nadaljnje delo tako na področju PS kot tudi fiziološkega staranja. Nadaljnje izpopolnjevanje in širjenje vzpostavljene podatkovne zbirke ter poglobljene analize izpostavljenih genov in regij med drugim predstavljajo ključne cilje prihodnjih raziskav.20252025-08-31 07:17:00Magistrsko delo/naloga171712VisID: 261890COBISS_ID: 247163907sl