Analysis of hop (Humulus lupulus) microRNA transfer to the fungus Verticillium nonalfalfaeStojkovska, Teodora (Avtor) Štajner, Nataša (Mentor) Stajič, Ester (Komentor) Humulus lupulusVerticillium nonalfalfaemiRNARNA interferenca med kraljestviprenos mikroRNA med kraljestviRT-qPCRzačetni oligonukleotidi za tvorbo lasničnih zankverticilijska uvelostinterakcije med rastlinami in patogeniMed rastlinami in patogeni potekajo zapletene interakcije, ena od njih je tudi RNA interferenca med različnimi kraljestvi (angl. cross-kingdom RNA interference), pri kateri se miRNA lahko prenašajo med gostiteljem in patogenom in uravnavajo izražanje genov. Ta proces je bil dokazan pri bombažu, okuženem z glivo Verticillium dahliae, kjer rastlinsko izvorne miRNA uravnavajo glivne gene in zmanjšajo resnost bolezni. Ali se podobni mehanizmi pojavljajo tudi pri drugih pomembnih poljščinah, kot je hmelj (Humulus lupulus), ni znano. Hmelj je ključen v pivovarstvu, vendar je zelo dovzeten za glivo Verticillium nonalfalfae, povzročiteljico verticilijske uvelosti, ki lahko zmanjša pridelek. V tej magistrski nalogi smo si zadali dva cilja: (i) preveriti, ali lahko z metodo »stem-loop« RT-qPCR v glivi V. nonalfalfae zaznamo miRNA, izvorno prisotne v hmelju, ter (ii) vzpostaviti sistem okuževanja brez zemlje za preučevanje patosistema hmelj–V. nonalfalfae. Od 19 na novo zasnovanih začetnih oligonukleotidov za tvorbo lasničnih zank smo s 17 pari uspešno pomnožili tarčne hmeljeve miRNA v hmeljevem tkivu, pri čemer so bile vrednosti Ct med 15,3 in 32,9, talilne krivulje pa so kazale enojni vrh pri vseh ponovitvah, torej specifično pomnoževanje. Čeprav prisotnosti hmeljevih miRNA v V. nonalfalfae nismo mogli potrditi, vzpostavljeni protokoli predstavljajo obetaven nabor orodij za prihodnje raziskave odziva hmelja na ravni miRNA na biotske ali abiotske strese. Poleg tega smo vzpostavili dva sistema okuževanja. Pri pristopu in vitro smo testirali 12 genotipov hmelja na šestih gojiščih in določili obetavne kombinacije za nadaljnjo uporabo. V ex vitro hidroponskem sistemu smo dosegli do 100% razvoja korenin in poganjkov med genotipi. Okužbo smo 21 dni po inokulaciji glivo V. nonalfalfae na osnovi PCR in začetnimi oligonukleotidi Vna-ITS-2 potrdili pri vseh vzorcih korenin in stebel, kar dokazuje, da je sistem primeren za raziskave zgodnjih faz okužbe v nadzorovanih pogojih. V okviru magistrske naloge smo razvili uporabna orodja in sisteme za boljše razumevanje interakcij med hmeljem in fitopatogeno glivo V. nonalfalfae.20252025-08-31 07:16:32Magistrsko delo/naloga171708VisID: 261886COBISS_ID: 247375619sl