Sledenje in segmentacija celic v zaporedjih mikroskopskih slikBadovinac, Kim Ana (Avtor) Čehovin Zajc, Luka (Mentor) Urbančič, Iztok (Komentor) sledenje celicmikroskopski posnetkiračunalniški vidbioinformatikasegmentacijaCilj naloge je razviti učinkovito metodo za sledenje različnih celičnih struktur v zaporedjih mikroskopskih slik z uporabo algoritmov za segmentacijo in sledenje. Problematika sledenja celic v mikroskopskih posnetkih vključuje prekomerno (angl. over-segmentation) in premalo podrobno segmentacijo (angl. under-segmentation), zaradi česar samo povezovanje zaporednih detekcij ni zadostno za uspešno sledenje. V ta namen smo uporabili model Cellpose za segmentacijo celic, ki ga dopolnjuje sledilnik s posodabljanjem zaznanih celic skozi zaporedje slik, razvit na podlagi vektorskih gradientov in dodatnih postprocesnih metod za izboljšanje natančnosti. Prav tako se uporabijo informacije več slikovnih okvirjev, s čimer lahko ponovno najdemo celice v primeru začasnega medsebojnega prekrivanja. Razvita metoda se je izkazala za učinkovito pri obravnavi primerov, kjer se celice preveč približajo; z uporabo gradientnih informacij smo uspešno ločili celice v tesnem stiku. Prav tako z več-okvirnim sledenjem ohranjamo trajektorije celice tudi v primerih prekrivanj, kar omogoča natančnejše spremljanje celic skozi daljša časovna obdobja. Rezultati so pokazali izboljšanje pri prepoznavanju celic v zahtevnih pogojih, kot so primeri na robu slike ali skupki celic. Na področju sledenja celic preproste metode še vedno dosegajo boljše rezultate od globokih metod, pri čemer naša raziskava prispeva k razvoju zanesljivejših metod za sledenje celic in odpira možnosti za nadaljnje izboljšave v mikroskopski analizi.20252025-07-14 15:05:01Magistrsko delo/naloga170752VisID: 37929COBISS_ID: 263138819sl