Transkriptomski profil Wilmsovega tumorjaIvančan, Simona (Avtor) Debeljak, Maruša (Mentor) Kitanovski, Lidija (Komentor) NGSwilmsov tumormRNA profilmiRNA profiluniverzalni biološki označevalciPovzetek: Opredelili smo transkriptomski profil Wilmsovega tumorja (WT), ki je neodvisen od histološkega podtipa, stadija in skupine tveganja. S sekvenciranjem naslednje generacije (NGS) smo opredelili izražanje miRNA v 74 vzorcih ledvičnega tkiva dveh skupin; sveže zamrznjenega tkiva (FFT) in tkiva, fiksiranega v formaldehidu in vklopljenega v parafin (FFPE). Opredelili smo 41 miRNA s spremenjenim izražanjem v WT v primerjavi z zdravim ledvičnim tkivom, od tega se je 27 miRNA znižano in 14 miRNA zvišano izražalo ne glede na izvor vzorca. Z analizo izražanja mRNA in signalnih poti smo opredelili interakcije med miRNA in mRNA v WT. Spremenjeno izražanje miRNA vpliva na delovanje določenega nabora genov. Z NGS in bioinformacijsko analizo smo pridobili dodaten vpogled v patogenezo WT. Izpostavili smo miRNA kot potencialne univerzalne biološke označevalce WT, ne glede na podtip, stadij ali skupino tveganja. Uvod: WT je najpogostejši otroški rak ledvic embrionalnega izvora. MiRNA uravnavajo izražanje genov in imajo ključno vlogo pri onkogenezi. Kljub raziskavam izražanja miRNA pri raku, vključujoč embrionalne tumorje, ti izsledki še niso del klinične prakse. Namen naše raziskave je bil opredelitev univerzalnih transkriptomskih označevalcev WT. Izvedli smo epidemiološko analizo naših bolnikov in primerjali rezultate z izsledki mednarodnih randomiziranih multicentričnih raziskav. Z NGS smo opredelili profil izražanja miRNA v WT in sosednjem ledvičnem tkivu ter ju primerjali. Opredelili smo profil izražanja mRNA in analizo celičnih poti za ugotavljanje miRNA-mRNA interakcij v WT. Metode: V raziskavo smo vključili bolnike, zdravljene zaradi WT na Kliničnem oddelku za hematologijo in onkologijo Pediatrične klinike Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana med 2000 in 2019. Določili smo starost ob diagnozi, spol, histološki podtip, stadij tumorja in skupino tveganja. Pregled ledvičnega tkiva smo opravili v skladu s smernicami Mednarodnega združenja za otroško onkologijo (SIOP RTSG). Za analizo izražanja miRNA v 74 ledvičnih vzorcih smo uporabili NGS, vzorce smo razdelili v dve skupini: FFT in FFPE. Opredelili smo izražanje mRNA in z in-silico analizo predpostavili interakcije med miRNA in mRNA v WT. Rezultati: Epidemiološki rezultati so bili skladni z ugotovitvami mednarodnih raziskav. Od 43 otrok z WT smo jih v raziskavo vključili 37, 18 dečkov (povprečna starost ob diagnozi 3,17 ± 2,65 let) in 19 deklic (povprečna starost ob diagnozi 3,28 ± 2,70 let). Večina bolnikov (97 %) je prejela preoperativno kemoterapijo. Stadij WT je bil pri 18 otrocih (49 %) I, pri 6 (16 %) II, pri 3 (8 %) III, pri 7 (19 %) IV in pri 3 (8 %) V. Povprečna starost ob nefrektomiji je bila 3,17 ± 2,67 let. Največ bolnikov je bilo v skupini zmernega tveganja. Pri nobenem nismo opredelili patoloških različic, povezanih z WT. Celokupno preživetje je bilo 100 %, pri 8 % bolnikov se je bolezen ponovila, 19 % ima pozne posledice. Opredelili smo 41 miRNA s spremenjenim izražanjem v WT, od tega 27 z znižanim in 14 z zvišanim izražanjem, ne glede na histološki podtip, stadij in skupino tveganja. Analiza in-silico je opredelila 10 genov, povezanih s celično potjo pri rakavih obolenjih (AKT1, BCL-2, CCND1, CDKN1B, ERBB2, FAS, HIF1A, IGF1R, ITGA3, MDM2). Z analizo izražanja mRNA smo opredelili 7207 spremenjenih transkriptov z večinoma znižano presnovno aktivnostjo v WT. Zaključek: Spremenjeno izražanje miRNA ima ključno vlogo pri nastanku WT. Opredelili smo globalne razlike v transkriptomu WT, neodvisno od histološkega tipa, stadija ali tveganja. Pri tem smo določili 27 miRNA z znižanim in 14 miRNA z zvišanim izražanjem. Ti rezultati kažejo pomen teh miRNA pri patogenezi WT, njihovo potencialno vlogo univerzalnih bioloških označevalcev ter predstavljajo izhodišče za prihodnje raziskave.20252025-06-04 07:15:06Doktorsko delo/naloga169555VisID: 35084sl