Opredelitev deleža sekundarne strukture in termostabilnosti transkripcijskega faktorja PHOX2B in njegovih domenNovel, Matija (Avtor) Hadži, San (Mentor) PHOX2Bpolialaninska regijaCD spektrometrijaAlphafoldfazna separacija tekoče-tekočeOdkritje, da se nekatere celične strukture vedejo kot kapljice in delujejo kot brezmembranski organeli, je eno izmed prelomnih odkritij v sodobni biologiji. Brezmembranski organeli nastanejo preko fazne separacije tekoče-tekoče in so običajno obogateni s proteini, ki vsebujejo dolge neurejene regije z nizko kompleksnostjo, kar pomeni, da se v sekvenci pojavlja le nekaj tipov aminokislinskih ostankov. V nalogi smo raziskovali vlogo polialaninske regije v človeškem proteinu PHOX2B in skušali ugotoviti, kako ta nizkokompleksni motiv vpliva na strukturo in obnašanje proteina. S pomočjo orodja Alphafold 3.0 smo preko različnih kombinacij ugotavljali strukturo in interakcije med nativnim proteinom ter med proteinom in zaporedjem DNA, na katero se veže. Ugotovili smo, da protein večinoma nima urejene strukture, z izjemo α-vijačnice DNA-vezavne domene Homeobox. Nekatere patološke mutacije uvedejo energijsko neugodne interkacije na DNA domeni ter tako onemogočijo vezavo proteina na promotorsko regijo, vendar ne povzročijo strukturnih sprememb proteina. Pri eksperimentalnem delu smo izražali tri verzije proteina PHOX2B. To so bili DNA-vezavna domena omenjenega proteina, C-končna domena in celoten protein. Posneli smo jim CD-spekter pred in po termični denaturaciji ter jim določili termično stabilnost. Tako smo potrdili, da sta celoten protein in izolirana C-končna domena pretežno neurejena oziroma brez sekundarne strukture. Pri termični denaturaciji se izkaže, da se nobena izražena različica ne vrne popolnoma v nativno stanje, ampak ostane v še bolj neurejeni obliki.20252025-05-07 08:55:01Diplomsko delo/naloga169009VisID: 24131COBISS_ID: 235386371sl