Vloga molekularnih metod v mikrobiološki diagnostiki povzročiteljev okužb umetnih sklepov in molekularna opredelitev virulentnih dejavnikov bakterij iz rodu CutibacteriumErbežnik, Anja (Avtor) Maver Vodičar, Polona (Mentor) mikrobiološka diagnostikaokužbe umetnih sklepovmolekularne metodePCRNGSbiofilmCutibacteriumvirulentni dejavnikiOkužbe umetnih sklepov so redek, a resen zaplet po primarni in revizijski artroplastiki sklepov. Za ustrezno zdravljenje potrebujemo hitro in zanesljivo diagnostiko, ki pa je v praksi težavna. V doktorski nalogi smo ovrednotili uporabo izbranih molekularnih molekularnih metod v primerjavi s kultivacijo ter pri diagnostiki okužb umetnih sklepov. V ta namen smo razvili in validirali specifični mPCR za dokazovanje najpogostejših patogenov pri okužbah umetnih sklepov ter njegovo diagnostično uporabnost opredelili v prospektivni študiji (341 vzorcev) skupaj s širokospektralnim PCR in metagenosmko analizo. Molekularne metode so se izkazale za učinkovite pri dokazovanju patogenov v vzorcih z negativnimi rezultati kultivacije in pri bolnikih, ki so v času odvzema vzorcev prejemali antibiotično terapijo. mPCR se ni izakazal za uporabnega pri dokazovanju kroničnih okužb z nizkim številom patogenov v kužnini. Širokospektralni PCR ima najvišjo občutljivost v primerjavi z rezultati kultivacije, medtem ko ima mPCR najvišjo specifičnost. Občutljivost in specifičnost še dodatno narasteta pri kombinaciji kultivacije in molekularnih metod. V sklopu doktorske naloge smo izvedli tudi genomsko analizo (opredelitev sekvenčnih tipov in 40 izbranih virulentnih dejavnikov) 64 izolatov iz rodu Cutibacterium (C. acnes, C. avidum, C. granulosum in C. namnetense), ki ni potrdila povezave med virulentnimi dejavniki ter različnimi sekvenčnimi tipi, anatomskimi mesti ali med skupinama izolatov, povezanih z okužbo oz. manj verjetno povezanih z okužbo. Potrdili pa smo specifično porazdelitev virulentnih dejavnikov na ravni bakterijskih vrst, podvrst ter filotipov C. acnes.[A. Erbežnik]20242024-12-17 10:47:58Doktorsko delo/naloga166007UDK: 579.61:616-078:577.2.083VisID: 30291COBISS_ID: 219621379sl