Biokonjugacija in poskus inducirane (homo)dimerizacije proteinov z azid-alkin cikloadicijoSuhorepec, Nadja (Avtor) Svete, Jurij (Mentor) biokonjugacijafluoresceininducirana dimerizacijacikloadicijaReakcije biokonjugacije so primeri bioortogonalnih reakcij, pri katerih se tvori kovalentna vez med dvema molekulama, pri čemer je ena izmed njih biološka molekula ali njen fragment. Tovrstne reakcije med drugim predstavljajo tudi način kemijskega navzkrižnega povezovanja ali zamreženja (angl. cross-linking) proteinov brez uporabe genetskega inženirstva. Za kovalentno označevanje proteinov se uporabljajo različni reagenti, med najpogostejšimi so N-hidroksisukcinimidni estri (NHS estri), ki reagirajo s prostimi aminskimi skupinami lizinskih ostankov ali tiolnimi skupinami cisteinskih ostankov. Na ta način lahko proteine kovalentno označimo z želeno funkcionalno skupino z vezavo (konjugacijo) s primerno funkcionaliziranim reagentom. V sklopu magistrskega dela, usmerjenega k inducirani dimerizaciji nativnih proteinov, smo pripravili različne NHS estre in benzotriazolide, funkcionalizirane bodisi z azidno bodisi s ciklooktinsko skupino. Razvili smo protokol za vezavo teh molekul na proteine ter analitsko metodo za kvantifikacijo vezave na proteine. Kvantifikacija je bila sestavljena iz ''klik'' reakcije med azido-funkcionaliziranim fluoresceinom in z alkinom označenim proteinom (in obratno), ki ji je sledilo merjenje fluorescence iz gela, dobljenega z SDS-PAGE. S pomočjo dobljenih informacij o količini vezanih označevalcev na protein, smo izvedli poskuse inducirane dimerizacije proteinov preko azid-ciklooktin [3+2] cikloadicije, kar je privedlo do tvorbe kovalentnega 1,2,3-triazolnega povezovalca. Z namenom podaljšanja povezovalne verige med proteinoma smo pripravili tudi bifunkcionalne reagente.20242024-12-04 08:50:00Magistrsko delo/naloga165364VisID: 24134COBISS_ID: 220256771sl