Biološka aktivnost izbranih izolatov aktinomicet iz kraških jam in njihova taksonomska uvrstitevPapler, Nuša (Avtor) Petković, Hrvoje (Mentor) Avbelj, Martina (Komentor) aktinomiceteslovenske kraške jameparametri gojenjaprotimikrobna aktivnosttaksonomska uvrstitevgruče biosinteznih genovsekundarni metabolitibioinformacijska analizaVse večja pojavnost bakterij, odpornih proti antibiotikom, predstavlja veliko grožnjo javnemu zdravstvu, zato je iskanje novih protimikrobnih učinkovin neizogibno. Ekstremofilna okolja, kot so jamski ekosistemi, so vir novih bioaktivnih učinkovin, saj tam običajno bivajo še neraziskani mikrobi, ki potencialno producirajo nove biološko aktivne učinkovine. Med njimi imajo aktinobakterije, med katere spadajo aktinomicete, največji potencial. Tehnologije za sekvenciranje celotnega genoma in bioinformatska orodja so razkrili, da aktinobakterije v svojem genomu nosijo zapise za številne gruče biosinteznih genov (GBG), ki se lahko v standardnih laboratorijskih pogojih gojenja ne izražajo (ostanejo tihe). S spreminjanjem pogojev gojenja, v našem primeru sestave gojišča, smo 37 izoliranih aktinomicetnih sevov (izbranih na podlagi morfoloških lastnosti in sposobnosti rasti v različnih gojiščih) spodbudili k proizvodnji protimikrobnih spojin. Gojili smo jih v šestih različnih produkcijskih gojiščih, iz katerih smo pripravili ekstrakt sekundarnih metabolitov. Sledilo je testiranje njihove protimikrobne aktivnosti proti bakterijam Micrococcus luteus, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, ter glivam Saccharomyces cerevisiae in Candida albicans. Pri 27 (73 %) ekstraktih smo zaznali protibakterijsko in/ali protiglivno delovanje. Aktinomicetne seve taksonomsko uvrstili na podlagi nukleotidnega zaporedja gena za 16S rRNK v rod Streptomyces. V zadnjem koraku smo z rudarjenjem genoma analizirali biosintetski potencial dveh izbranih sevov. Bioinformacijska analiza z AntiSMASH orodjem je pokazala, da genoma obeh sevov nosita zapis za nekatere znane spojine, vendar predvidene spojine domnevnih GBG kodirajo gene za biosintezo še nepoznanih sekundarnih metabolitov.20242024-10-30 07:16:29Magistrsko delo/naloga164530VisID: 254211COBISS_ID: 213398531sl