Analiza genetske variabilnosti na mestih poliadenilacijskega signala pri selekcijskih debelih in vitkih linijah mišiŠušteršič, Maša (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) Šimon, Martin (Komentor) alternativna poliadenilacijadebelostgeni za nalaganje maščobepoliadenilacijski signalpoliadenilacijsko mestorazličice nukleotidnega zaporedjaPoliadenilacija je proces, pri katerem pride do cepitve molekule prekurzorske mRNA (pre-mRNA), sledi pa dodajanje poliadeninskega repa (repa poli-A). Poliadenilacijski signal (signal PA) in ostali cis-elementi označujejo mesto poliadenilacije (mesto PA). Alternativna poliadenilacija (APA) je mehanizem uravnavanja (regulacije) genov po prepisovanju (transkripciji), pri katerem iz enega gena nastane več izooblik mRNA zaradi spreminjanja lokacije mest PA znotraj prepisane RNA (transkripta). Povezana je z različnimi boleznimi, tudi z debelostjo. V magistrski nalogi smo izvedli pregled genetskih različic v signalu PA v genih, ki so povezani z debelostjo. Pregled smo izvedli pri debeli in vitki selekcionirani liniji miši. Gene povezane z debelostjo (495) smo pridobili iz podatkovne zbirke IMPC in mesta PA v podatkovni zbirki PolyASite 2.0. Genetske različice so bile določene s predhodnim sekvenciranjem genoma selekcioniranih linij, ki sta nastali s križanjem sorodnih linij JU in CBA ter nesorodne linije CFLP. Po filtriranju genetskih različic s programskim orodjem RStudio smo ugotovili, da se je zaradi različic spremenilo 61 signalov PA v 56 genih. Med temi smo izpostavili gene, pri katerih se je zaradi različic: 1. izgubil/pridobil kanonični signal (AATAAA ali ATTAAA), 2. v zaporedju izgubil edini signal ali 3. ustvaril povsem nov signal, ki ga ni v referenčnem zaporedju. Ti geni so Cep250 in Tnik pri debeli liniji ter Alg8, Arhgef4, Cnot4, Csmd3, Dscc1, Gxylt2, Usp15 pri vitki liniji. V prihodnje bi bilo treba raziskati funkcionalen vpliv različic znotraj signalov PA, preveriti ali imajo različice vpliv na APA ter pregledati ohranjenosti genetskih polimorfizmov v signalu PA med različnimi linijami miši in ostalimi vrstami.20242024-10-30 07:16:18Magistrsko delo/naloga164529VisID: 254210COBISS_ID: 213419779sl