Potrjevanje in silico napovedane tarče miR319 pri okužbi hmelja (Humulus lupulus) z glivo Verticillium nonalfalfaeŽnidaršič, Emanuela (Avtor) Štajner, Nataša (Mentor) Stajič, Ester (Komentor) hmeljVerticillium nonalfalfaeodpornost rastlinmiRNARNAi5' RLM-RACEsekvenciranjeV okviru magistrske naloge smo analizirali interakcijo med mikro RNA (miRNA) miR319 ter in-silico napovedano tarčo tcp2 pri odpornem kultivarju hmelja Wye Target ob okužbi z glivo Verticillium nonalfalfae. Da bi optimizirali postopek izolacije kakovostne RNA, smo iz korenin in listov hmelja izolirali celokupno RNA z različnimi metodami. Z metodo RT-qPCR smo poskušali kvantitativno opredeliti količino tarčne mRNA na treh delih sekvence (levo, desno in okoli mesta razreza) z različnimi pari začetnih oligonukleotidov (ZO). Izvedli smo tudi metodo 5' RLM-RACE, s katero smo želeli ugotoviti mesto na tarčni mRNA, kjer pride do razreza ob interakciji z miRNA. Ugotovili smo, da so pri vzorcih okuženih rastlin prisotne statistično značilne razlike v količini RNA med regijami pomnoženimi z različnimi pari ZO. Z metodo 5' RLM-RACE smo potrdili razrez tarčne mRNA pri kontrolnem vzorcu, vendar je do razreza prišlo 50 bp stran od pričakovanega mesta razreza. V okviru naloge smo optimizirali določene procese izolacije RNA in kvantifikacije tarčnih regij. S pridobljenimi rezultati bomo prispevali k boljšemu razumevanju mehanizmov pri imunskem odzivu hmelja ob okužbi z glivo, ki lahko v prihodnosti pripomorejo k razvoju postopkov za obvladovanje verticilijske uvelosti.20242024-09-21 07:18:01Magistrsko delo/naloga162316VisID: 246069COBISS_ID: 208763395sl