Primerjava metod qPCR-HRM in fragmentne analize za določitev stopnje metilacije promotorja gena MLH1 v vzorcih tumorjevJenko, Mateja (Avtor) Pajič, Tadej (Mentor) rak endometrijaFFPEsindrom Lynchhipermetilacija promotorja gena MLH1qPCR-HRMMS-MLPARak debelega črevesa in danke ter rak endometrija sta dve izmed pogostejših oblik raka v svetu in v Sloveniji. Vzrok za njun nastanek je lahko sindrom Lynch (ang. Lynch syndrome, LS), ki je avtosomno dominantno dedna predispozicija za razvoj rakavih bolezni. Sindrom Lynch je povezan z okvaro genov MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 in EPCAM, izmed katerih prvi štirje geni kodirajo proteine, ki sestavljajo kompleks, ki je vključen v mehanizem popravljanja neujemanja baznih parov v DNA (ang. DNA mismatch repair, MMR). Vzrok za nastanek raka debelega črevesa in danke ter raka endometrija pa je lahko tudi sporadična oblika raka, ki je posledica hipermetilacije promotorja gena MLH1. Razlikovanje med vzrokom za nastanek raka je pomembno zaradi nadaljnje obravnave posameznika. Za določanje prisotnosti hipermetilacije promotorja gena MLH1 lahko uporabimo številne metode, med njimi tudi MS-MLPA (za metilacijo specifična metoda od ligacije odvisnega hkratnega pomnoževanja sond, ang. methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification) in qPCR-HRM (za metilacijo občutljiva metoda kvantitativne verižne reakcije s polimerazo in analize talilne krivulje visoke ločljivosti, ang. methylation-sensitive quantitative PCR high-resolution melting). Metoda MS-MLPA je v laboratoriju za molekularno genetiko, KIGM, UKC Ljubljana, že vpeljana, kot cilj tega magistrskega dela pa smo si zastavili optimizacijo in overitev metode qPCR-HRM. Uporabili smo DNA iz 25 vzorcev tkiva fiksiranega in vklopljenega v parafin ter primerjali skladnost rezultatov analize qPCR-HRM in MS-MLPA. Rezultati analiz qPCR-HRM in MS-MLPA so bili skladni, s čimer smo metodo overili. S tem smo pomembno dopolnili nabor preiskav, ki jih opravimo pri bolnikih z rakom, in s tem zmanjšali število oseb, ki bi sicer bile napotene na genetski posvet zaradi suma na LS.20242024-09-21 07:16:02Magistrsko delo/naloga162299VisID: 246052COBISS_ID: 208538883sl