Nadgradnja cenilne funkcije molekulskega sidranja s simuliranjem vodikovih veziZidanšek, Primož (Avtor) Ilc, Nejc (Mentor) Sluga, Davor (Komentor) Podlipnik, Črtomir (Komentor) CmDockcenilka PLPcenilka CHEMPLPMolekulsko sidranje je računalniška metoda za napovedovanje optimalne poze ene molekule v aktivnem mestu druge. V našem delu smo se osredotočili na izboljšavo odprtokodnega orodja CmDock z nadgradnjo obstoječe cenilne funkcije PLP v CHEMPLP. Ključna je bila vključitev vplivov vodikovih vezi v simulacijo. Kljub uporabi kompleksnejšega modela, se natančnost cenilne funkcije ni izboljšala, saj je na testni množici DUD-E sidranje s cenilkama PLP in CHEMPLP doseglo povprečni RMSD okoli 9 Å. Največjo točnost še vedno dosega privzeta cenilka orodja CmDock, VDW, medtem ko je čas sidranja s cenilko PLP oziroma CHEMPLP približno dvakrat krajši. Ta ugotovitev nakazuje potencial za uporabo v visoko zmogljivem virtualnem rešetanju, kjer je hitrost ključnega pomena.20242024-09-12 12:35:10Diplomsko delo/naloga161582VisID: 37507COBISS_ID: 213225731sl