Analiza transkriptoma pri otroških bolnikih s T-celično akutno limfoblastno levkemijoJanžič, Urška (Avtor) Trebušak Podkrajšek, Katarina (Mentor) Debeljak, Maruša (Komentor) T-celična akutna limfoblastna levkemijatranskriptomizražanje genovsekvenciranje RNAanaliza diferencialnega izražanja genovT-celična akutna limfoblastna levkemija predstavlja 10–15 % vseh akutnih limfoblastnih levkemij pri otrocih. Kljub napredku v načinu zdravljenja bolezni v zadnjih letih T-celični imunofenotip, ki je genetsko zelo heterogen, predstavlja višje tveganje za neuspešno zdravljenje bolezni kot B-celični imunofenotip. Bolniki, pri katerih se bolezen ponovi, imajo slabo prognozo, saj so relapsi pogosto odporni na zdravljenje. Delitev bolezni glede na genotip, ki bi imel pomembno napovedno vrednost za bolnike, kot je to mogoče pri B-celični akutni limfoblastni levkemiji, ne obstaja. Namen raziskave je opredeliti transkriptom T-celične akutne levkemije pri otrocih z analizo diferencialnega izražanja genov. Izolirali smo RNA iz kostnega mozga in periferne krvi otrok, ki so jim med leti 2009 in 2023 na Pediatrični kliniki v Ljubljani diagnosticirali T-celično akutno limfoblastno levkemijo. Pripravili smo knjižnice in jih sekvencirali z aparatom NovaSeq 6000, Illumina. S podatkovnim cevovodom Snakepipes in orodjema DESeq2 ter edgeR smo opredelili različno izražene gene pri bolnikih, ki so doživeli relaps v primerjavi z bolniki v remisiji. Opredelili smo tudi razlike v izražanju genov med bolniki z nezrelim in zrelim imunofenotipom ter primerjali diferencialno izražene gene pri bolnikih s T- in B-celično akutno limfoblastno levkemijo. Za ta del analize smo uporabili že pridobljene podatke sekvenciranja bolnikov z B-celično akutno limfoblastno levkemijo. Pri bolnikih s T-ALL in relapsom smo opredelili 11 genov, pri bolnikih v remisiji pa 41 genov, ki so se povečano izražali. V določenih primerih je povečano izražanje onkogenov ali zmanjšano izražanje tumorsupresorskih genov kazalo na povezavo med slabšo prognozo bolnikov z relapsom. V nekaterih primerih pa povezave niso bile jasne, saj izražanje genov v literaturi še ni bilo opisano. Rezultati analize izražanja genov pri različnih imunofenotipih so pokazali, da je povezava med imunofenotipom in genetskim profilom slaba, kar je opisano tudi v literaturi. Pri diferencialni analizi izražanja genov med bolniki s T- in B-celično akutno limfoblastno levkemijo smo opredelili največ, kar 8848 različno izraženih genov. V spletnem orodju Enrichr smo z obogatitveno analizo opredelili pot imunoregulatornih interakcij med limfoidno in nelimfoidno celico kot tisto, ki bi lahko imela vlogo pri slabšem poteku bolezni v primerjavi z B-celično akutno limfoblastno levkemijo. Da bi lahko določili izražanje genov, ki bi imelo pomembno napovedno vrednost za pediatrične bolnike s T-ALL, so potrebne nadaljnje raziskave.20242024-09-05 08:45:26Magistrsko delo/naloga160869VisID: 107593sl