Vpliv RNA z razširjenimi ponovitvami na proces ločevanja fazRuter, Petra (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) Lah, Jurij (Komentor) RNA z razširjenimi ponovitvamibiomolekularni kondenzatiproces ločitve tekočih fazturbidnostBiomolekularni kondenzati so vrsta brezmembranskih organelov, ki nastanejo preko ločitve tekočih faz in vsebujejo pretežno proteine in nukleinske kisline. V kondenzatih se vzpostavi kemijsko različno okolje zaradi selektivne vključitve nekaterih in izključitve drugih makromolekul. Kondenzati v celici lahko opravljajo večje število vlog: ločitev celične vsebine s transportom in lokalizacijo nukleinskih kislin, vzpostavitev ugodnega okolja za izvedbo katalitičnih procesov, shranjevanje izbranih molekul in odziv na stres. Mutacije ključnih komponent ali deregulacija nastanka kondenzatov vodijo v patološka stanja, kot so nevrodegenerativne bolezni in miopatije, na primer ALS, Huntingtonova in Alzheimerjeva bolezen ter frontotemporalna demenca. Pri razvoju teh bolezni je bolje raziskana vloga proteinov, manj pa je znanega o prispevku RNA, ki naj bi predstavljala ogrodje za vezavo proteinov, interakcije RNA–RNA pa neposredno vplivale na sprožitev ločitve tekočih faz. Zaradi tega je potrebno pridobiti več podrobnih podatkov o lastnostih RNA, potrebnih za nastanek različnih biomolekularnih kondenzatov, ter razumeti odvisnost sistema od vrste kemijskih faktorjev. V okviru magistrskega dela smo izbrali osem različnih zaporedij RNA z razširjenimi ponovitvami (G$_4$C$_2$, CAG, CUG, CCUG, CGG, AUUCU, UGGAA in GGCCUG), ki se pojavljajo pri nevrodegenerativnih boleznih in miopatijah, in opazovali vpliv lastnosti RNA (zaporedje, dolžina, nastanek struktur višjega reda) in okolja (koncentracija kalijevih in magnezijevih kationov, koncentracija RNA, pH, dodatek polietilenglikola) na proces ločitve tekočih faz s pomočjo UV spektroskopije. Z meritvami turbidnosti smo opazili, da dolžina ponovitev v zaporedju ne vpliva na proces ločitve faz. Opazimo pa vpliv števila ponovitev na povečano turbidnost. Prisotnost kalijevih kationov povzroči povečano turbidnost pri zaporedjih (UGGAA)$_n$ in (CGG)$_n$, kjer kalijevi kationi tudi stabilizirajo predvidene strukture višjega reda. Magnezijevi kationi povzročijo povečano turbidnost predvsem pri zaporedjih (G$_4$C$_2$)$_n$ in (GGCCUG)$_n$. Višja koncentracija RNA povzroči povečano turbidnost pri (UGGAA)$_n$, (G$_4$C$_2$)$_n$, (CGG)$_n$, (GGCCUG)$_n$ in (CAG)$_n$, dodatek polietilenglikola pa povzroči povečano turbidnost pri (G$_4$C$_2$)$_n$, (CGG)$_n$ in (GGCCUG)$_n$.20242024-07-02 12:16:39Magistrsko delo/naloga159170VisID: 23018COBISS_ID: 201504771sl