Genetska raznolikost virusa Usutu v SlovenijiKoletnik, Aleš (Avtor) Avšič Županc, Tatjana (Mentor) Knap Gašper, Nataša (Komentor) virus Usutuinvazivne tujerodne vrstekomarjiCulex pipiensgenetska raznolikostmolekularna diagnostikasekvenciranjeNGSVirus Usutu je RNA virus, ki je bil v Evropo prenesen iz Afrike konec 20. stoletja. V Evropi vse pogosteje povzroča epidemije pri živalih, občasno okužbe z virusom dokažemo tudi pri ljudeh. Kot v predhodnih raziskavah tudi mi ugotavljamo, da virus v Sloveniji kroži. Protitelesa so že dokazali pri različnih živalskih vrstah v ljubljanskem živalskem vrtu, zavedeni pa so tudi z virusom Usutu (USUV) povezani pogini divjih ptic leta 2018. Leta 2018 smo ujeli dve USUV pozitivni skupini komarjev rodu Culex, leta 2019 kar šest in leta 2020 eno skupino. V sezoni 2021 nismo ujeli nobenega USUV pozitivnega komarja. Naša raziskava je prva raziskava genetske raznolikosti slovenskih sevov USUV. Devet sevov je bilo dokazanih v komarjih ulovljenih v različnih slovenskih krajih med leti 2018 in 2020. Celotne genome osmih sevov smo amplikonsko sekvenirali s tehnologijo Illumina in naredili filogenetsko analizo.Vseh osem sevov se uvršča v linijo Evropa 2, ki je takrat in še vedno prevladuje tudi v sosednjih državah. V Sloveniji smo dokazali dve filogenetski skupini virusa. Filogenetska primerjava s sevi iz sosednjih držav nakazuje na večkraten vnos virusa v Slovenijo predvsem iz Italije, verjetno pa tudi iz Avstrije in Madžarske. Možno je, da je virus na območju Slovenije prezimil in postaja endemičen. Naše raziskave kroženja in spreminjanja virusa bi bile natančnejše, če bi bilo javno dostopnih več sekvenciranih celotnih genomov USUV iz Evrope. Potreben je multidisciplinaren pristop, ki bi vključeval virologe, zdravstveno osebje, ornitologe in entomologe ter tesnejše sodelovanje med zdravstvenim, kmetijskim in okoljskim sektorjem, da bi lažje opredelili glavne dejavnike tveganja z namenom izvajanja ustreznih metod spremljanja in preprečevanja USUV.[A. Koletnik]20242024-04-13 07:15:07Magistrsko delo/naloga155724UDK: 578.7:579.77:578.833.2:57.083.2VisID: 236434COBISS_ID: 192866307sl