Validacija metode za izolacijo RNA iz tumorjev in prostocelične RNA iz plazme rakavih bolnikovKerin, Mirjam (Avtor) Čemažar, Maja (Mentor) Mesti, Tanja (Komentor) melanomimunoterapijaZIKTbiomarkerjiIFNgamaPD-L1RNAFFPE tkivokrvna plazmaMelanom je oblika kožnega raka, ki nastane v melanocitih in pogosto zaseva, zato je vzrok za več kot 90 % vseh smrti zaradi kožnega raka. Najhitreje razvijajoče se in zelo uspešno zdravljenje malignega melanoma je imunoterapija z zaviralci imunskih kontrolnih točk (ZIKT). Za napovedovanje učinkovitosti terapije in odgovora na zdravljenje z ZIKT pa so zelo pomembni biomarkerji pri posameznem bolniku. V nalogi smo vzpostavili metodi za določanje izražanja dveh biomarkerjev pri bolnikih z malignim melanomom, in sicer IFNgama in PD-L1 iz plazme in iz rezin tumorskega tkiva, fiksiranega s formalinom in vklopljenega v parafin (FFPE tkivo). Ugotovili smo, da je za ugotavljanje izražanja genov v FFPE tkivu zelo pomembna ustrezna priprava FFPE tkiva, primerno shranjevanje vzorcev, izbira ustreznih metod za izolacijo RNA iz tkiva in prepis v cDNA ter izbor ustreznih hišnih genov pri verižni reakciji s polimerazo (PCR). Pri določanju izražanja biomarkerjev v krvni plazmi smo ugotovili, da je prostocelična RNA (cfRNA) v krvi prisotna vsaj tri dni po odvzemu krvi, če je le-ta skladiščena pri 5 °C, in da je verižna reakcija s polimerazo z revezno transkripcijo (RT-qPCR) z genskimi fragmenti gBlocks ustrezna metoda za dokazovanje cfRNA v krvi bolnikov z melanomom. CfRNA v plazmi je prisotna tako pri zdravem posamezniku kot pri bolniku z melanomom.[M. Kerin]20242024-02-17 07:15:19Magistrsko delo/naloga154487UDK: 616-006.81:575(043.2)VisID: 236268COBISS_ID: 186738947sl