Analiza celotnega genoma virusa klopnega meningoencefalitisa pri bolnikih in vpliv virusnih variant na patogenezo in potek bolezniZakotnik, Samo (Avtor) Korva, Miša (Mentor) klopni meningoencefalitisgenetska raznolikostsekvenciranjeNGSmutacijepatogenezaKlopni meningoencefalitis (KME), ki ga povzroča virus klopnega meningoencefalitisa (KMEV), je najpomembnejša virusna okužba osrednjega živčevja, ki jo prenašajo klopi v Evropi. Okužba s KMEV lahko variira od asimptomatske, vročinske bolezni, do hude oblike z nevrološkimi znaki, vendar vzroki za tako raznolik potek bolezni pri posamezniku še niso pojasnjeni. Poleg imunskih dejavnikov gostitelja na patogenezo v veliki meri vpliva tudi virus, vendar ga je, zaradi kratke in nizke viremije, izjemno težko pridobiti neposredno iz kliničnih vzorcev bolnikov. Namen doktorske raziskave je bil analizirati genetsko raznolikost evropskega podtipa virusa KME v Sloveniji in pojavnost mutacij pri posameznih potekih KME. V doktorskem delu smo pripravili specifične začetne oligonukleotide in razvili amplikonski sistem sekvenciranja, ki omogočajo določanje celotnega genoma KMEV neposredno v kliničnih vzorcih. Uspešno smo določili 94 zaporedij genomov KMEV iz krvi, 3 iz likvorja in 6 iz urina bolnikov. Ugotovili smo statistično značilno povezavo med številčnejšimi konsenznimi sinonimnimi mutacijami in blagim potekom KME v proteinu E ter našli enak trend za protein NS5. Dolžina 3'UTR se ni razlikovala med blagim in hudim potekom bolezni. V vzorcih smo dokazali 7 mutacij, ki so jih že predhodno opisali v literaturi, in jih povezali z virulenco KMEV. Dodatno smo odkrili 105 mutacij, značilnih za posamezno oblike KME: 7 mutacij, značilnih za abortivno obliko, 65 mutacij, značilnih za meningoencefalitis, in 33 mutacij, značilnih za meningoencefalomielitis. Od tega je bilo 92 mutacij sinonimnih in le 9 nesinonimnih, 4 mutacije pa smo našli v neprevajajočih regijah. Največ mutacij smo našli v genih, ki zapisujejo za proteine NS5, NS3 in v M. Z doktorsko raziskavo smo vzpostavili edinstveno zbirko prvofaznih vzorcev in kot prvi na svetu proučili genetsko variabilnost KMEV neposredno v kliničnih vzorcih in odkrili potencialne nove virulenčne označevalce.[S. Zakotnik]20232023-12-22 07:15:06Doktorsko delo/naloga153312UDK: 578.5+578.7:575.111/.112VisID: 26193COBISS_ID: 178910723sl