Spletna aplikacija za optimizacijo rabe kodonovHekić, Uroš (Avtor) Šajn, Luka (Mentor) Špendl, Martin (Komentor) optimizacija rabe kodonovnaključni sprehodTASEPRTA*spletna aplikacijaDockerRabbitMQOptimizacija rabe kodonov je postopek za zamenjavo sinonimnih kodonov z namenom prilagajanja rabe kodonov gostiteljskega organizma, ki se uporablja v predpripravi sinteze proteinov npr. pri izdelavi zdravil, dodatkov v živilski industriji ali pri preučevanju lastnosti proteinov v laboratoriju. Neoptimalno rabo kodonov spremlja nizek izkoristek izražanja, nepravilno zvijanje proteinov in s tem neuporaben končni produkt, zato je optimizacija ključen postopek pri pripravi sintetičnih proteinov. Zasnovali in implementirali smo spletno aplikacijo za interaktivno optimizacijo kodonov v realnem času na podlagi simulacije časa translacije. Načrtovali in implementirali smo več algoritmov za optimizacijo rabe kodonov in jih primerjali med sabo. Aplikacija temelji na algoritmu RTA* z globino 1, ki dosega 55% +/- 5% izboljšanje relativne napake. Aplikacija zajema celoten postopek priprave zaporedja za optimizacijo na osnovi strukture proteina. Aplikacijo smo predstavili ciljnim uporabnikom ter njihov odziv preverili z anketo. Kar 91% anketiranih uporabnikov meni, da uporabniški vmesnik podpira vse njihove zahteve pri optimizaciji kodonov. Več kot dve tretjini anketiranih meni, da je izvajanje algoritma dovolj hitro. Vsi anketirani pa bi rezultate algoritma uporabili pri svojem delu.20232023-12-08 08:10:02Magistrsko delo/naloga152823VisID: 36456COBISS_ID: 177657603sl