Analiza podvojevanja viroidov in metilacije genomske DNA okuženega hmelja (Humulus lupulus L.)Sečnik, Andrej (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) Križman, Mitja (Komentor) hmeljviroidCBCVdHLVdHSVdpodvojevanje viroidovtehnologija Nanoporemetilacija DNAHPLC-UVWGBSHmelj je pomembna kmetijska poljščina, ki se jo v glavnem uporablja za varjenje piva. Hmelj je dovzeten za okužbo z različnimi patogeni, tako tudi z viroidi. Viroidi so majhne, krožne, enoverižne molekule RNA, ki lahko okužijo različne rastlinske vrste, na katerih se razvijejo bolezenska znamenja, kar se lahko prevesi v hudo gospodarsko škodo. Hmeljarji uporabljajo različne preventivne ukrepe za omejevanje vpliva viroidov na gojenje hmelja. Mnogo raziskovalcev se ukvarja s študijem patologije patogeneze viroidov, vseeno pa molekularni mehanizmi razvoja bolezenskih znamenj ostajajo nepojasnjeni. Zaradi tega smo v pričujočem doktorskem delu proučevali podvojevanje viroidov na eni in spremembe v metilaciji DNA okuženega hmelja na drugi strani. Rezultati, pridobljeni s tehnologijo Nanopore, kažejo na njeno ustreznost za analizo intermediatov podvojevanja, saj omogoča neposredno določanje nukleotidnega zaporedja RNA. Pokazali smo tudi, da viroidi lahko vplivajo na metilacijo DNA hmelja. Rezultati proučevanja metilacije DNA nam v prvi vrsti zagotavljajo nove namige za prihodnje raziskave v povezavi z rastlinsko imunostjo in viroidno patogenezo. Prav tako smo med drugim pokazali, da je diferenčna metilacija DNA povezana z rastlinskim hipersenzitivnostnim odzivom, obrambnim in hormonskim odzivom ter z ribosomskimi procesi. Viroid CBCVd zelo verjetno vpliva na od RNA-odvisno metilacijo DNA, kar je skladno z rezultati nekaterih dosedanjih študij viroidov in metilacije DNA.20232023-10-21 07:15:16Doktorsko delo/naloga151817VisID: 232563COBISS_ID: 169505283sl