Vpliv prekomernega izražanja strukturnih proteinov M, N, S in E ter pomožnega proteina ORF6 virusa SARS-CoV-2 na izražanje genov iz družine APOBEC v človeških celičnih linijah HuH-7 in HeLaLevačić, Patrik (Avtor) Lovšin, Marija Nika (Mentor) Proteini APOBECCOVID-19HeLaHuh-7SARS-CoV-2.Proteini APOBEC so citidinske deaminaze, skupina encimov, ki deaminirajo citidine v uridine na enojnoverižnih polinukleotidih. Njihova osnovna funkcija je urejanje RNA molekul, vendar lahko nekateri od teh proteinov urejajo tudi DNA molekule in s tem sodelujejo v procesih, ki vplivajo na genomsko variabilnost. Proteini APOBEC so protivirusni proteini in preprečijo razmnoževanje različnim RNA virusom, DNA virusom in retroelementom. Povezava med proteini APOBEC in virusom SARS-CoV-2 izhaja iz raziskav, ki so razkrile, da ti proteini lahko vplivajo na genom virusa. Med virusno okužbo se lahko izražanje APOBEC genov spremeni, kar lahko privede do nastanka mutacij v genomu SARS-CoV-2. Te mutacije lahko vplivajo na lastnosti virusa, kot je npr. sposobnost razmnoževanja, izmikanje imunskemu sistemu ali odpornost na zdravila. Poleg tega mutacije v genomu virusa prispevajo k njegovi evoluciji in pospešijo nastanek novih sevov ter s tem vplivajo na razširjenost virusa v populaciji. Izražanje genov iz družine APOBEC je običajno povišano med virusno okužbo, vendar ni popolnoma jasno, kakšen je vpliv na izražanje teh genov pri virusu SARS-CoV-2. Zato smo se v nalogi osredotočili na preučevanje vpliva prekomernega izražanja proteinov SARS-CoV-2 na izražanje genov APOBEC. V ta namen smo uporabili sesalski celični liniji, Huh-7 (izvorno izhaja iz hepatocelularnega tumorja) in HeLa (izvorno izhaja iz raka materničnega vratu). Sesalske celice smo transfecirali z različnimi plazmidnimi vektorji, ki so vsebovali zapis za strukturne proteine M, N, S, E in pomožni protein ORF6 virusa SARS-CoV-2 in s kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (qPCR) izmerili nivo izražanja genov A1, A3A, A3B, A3C, A3D, A3F in A3G. Pri celični liniji Huh-7 je pri prekomernem izražanju strukturnega proteina N in pomožnega proteina ORF6 prišlo do znižanja izražanja gena A1, pri ostalih genih vpliv prekomernega izražanja proteinov SARS-CoV-2 na izražanje genov APOBEC nismo uspeli dokazati. Pri celični liniji HeLa vpliv prekomernega izražanja proteinov SARS-CoV-2 na izražanje genov iz družine APOBEC prav tako nismo uspeli dokazati. Rezultati raziskovalnega dela so pokazali, da prekomerno izražanje strukturnega proteina N in pomožnega proteina ORF6 zniža izražanje gena A1 in so v nasprotju s pričakovanji, saj naj bi se izražanje genov APOBEC med virusno okužbo zvišalo. Za boljše razumevanje vpliva na izražanje teh genov so potrebne nadaljnje raziskave.20232023-09-22 08:45:15Magistrsko delo/naloga150739VisID: 101454sl