Redukcija genoma pri aktinomicetahOrtl, Larisa (Avtor) Petković, Hrvoje (Mentor) redukcija genomaStreptomycessekundarni metabolitiRazvoj novih molekularno-bioloških orodji, kot je npr. CRISPR-Cas je omogočil hitro in učinkovito manipulacijo genomov mikroorganizmov. Eden od pristopov, ki ga raziskovalci že vsaj desetletje proučujejo je t.i. “redukcija genomov” (ang. genome reduction). Dognanja, ki stoji za tem pristopom, ki ga pogosto imenujemo tudi “racionalizacija genomov” (ang. genome streamlining) je usmerjena v zmanjševanje kompleksnosti celice mikroorganizmov, ki so pogosto izjemno regulatorno in metabolno zapleteni. Potencialna uporabna vrednost teh pristopov lahko rezultira v povečani genomski stabilnosti gostiteljskega seva, redukcijo kompleksnosti metabolizma novih mikrobnih šasij, hitrejši rast in robustnost takšnih kultur, poenostavitev sekretoma, ki mu lahko sledi redukcija števila različnih primarnih in sekundarnih metabolitov. Pristopi redukcije genomov imajo lahko zato potencialno uporabno vrednost pri konstrukciji industrijskih sevov z nižjo metabolno obremenitvijo in višjim donosem ciljnih produktov ob izboljšanih fizioloških in morfoloških lastnostih tovrstnih kultur. Največji napredek pri tovrstnih študijah je bil dosežen pri redukciji genomov modelnih mikroorganizmov, kot je to npr. E. coli ali B. subtilis. Namen teh študij ni bil toliko usmerjen v razvoj novih mikrobnih šasij, ampak bolj v razumevanje t.i. »minimalnega genoma« (angl. core genome), oziroma minimalnega števila genov, ki še omogočajo osnovno delovanje celice v laboratorijskih pogojih. Šele v zadnjih letih pa ta pristop postaja zanimiv tudi za konstrukcijo t.i. mikrobnih šasij. Cilj te diplomske naloge je, da povzame vse mogoče metodološke pristope redukcije genomnov pri aktinomicetah. Bolj konkretno, pa bi bilo dobro povečati razumevanje, katere dele teh velikih kromosomov, in v kakšnih dimenzijah je smiselno reducirati. Cilj te diplomske naloge je tudi priprava pregleda literature, ki se nanaša na pristope redukcije genomov pri streptomicetah, njihov vpliv na morfološke in fiziološke lastnosti teh sevov ter njihovo potencialno uporabo pri izboljševanju industrijsih mikrobnih kultur.20232023-09-10 07:17:07Diplomsko delo/naloga149790VisID: 228945COBISS_ID: 164409603sl