Razvoj postopka za analizo polimorfnih regij v genomu rižaKavčič, Ema (Avtor) Dolinar, Marko (Mentor) rižmikrosatelitizolacija DNAvariabilnost med sortamiRiž je pomemben vir hrane. Poznamo več tisoč različnih sort riža, med katerimi lahko razlikujemo na osnovi DNA. Zaradi značilnosti rastlinske celice izolacija DNA iz rastlinskih tkiv ni enostavna. Ugotovili smo, da s trenjem vzorca v tekočem dušiku in inkubacijo v pufru CTAB pri 60 °C lahko DNA izoliramo tako iz listov kot tudi iz semen riža. Na stopnjo fragmentacije DNA je imel največji vpliv vir izhodiščnega materiala. Izolirana DNA je bila dovolj kvalitetna za pomnoževanje s PCR, saj smo lahko pomnožili regijo ITS. Za razlikovanje med sortami riža uporabljajo več različnih označevalcev. Iz zbirke Gramene smo s seznama 50 najpogosteje uporabljenih mikrosatelitnih označevalcev izbrali 9 označevalcev in preverili, ali so uporabni za razlikovanje med izbranimi sortami (hajajuki, jukihikari, duborskian, titanio, uz rosk, ponta rubra, vialone nano, ribe, riž za kuhanje neznane sorte, rdeči, črni in čajni riž). Najprej smo poskusili s spreminjanjem temperature prileganja začetnih oligonukleotidov preprečiti nastanek nespecifičnih produktov pri reakciji PCR. Produkti PCR naj bi se med sortami razlikovali po dolžini, vendar je pričakovana razlika manjša kot 30 bp. Ločevanje z AGE ima premajhno ločljivost, da bi lahko opazili tako majhne razlike. Dokazali smo, da s PAGE lahko dosežemo ločljivost 3 bp, kljub temu pa nismo opazili razlik v dolžini amplikonov med sortami pri označevalcih RM536 in RM431. Očiščene produkte onačevalca RM431 smo poslali na sekvenciranje brez predhodnega kloniranja PCR-produktov. Določeno zaporedje večine vzorcev ni bilo dovolj kvalitetno za primerjavo med sortami. Vzorca sort hajajuki in ponta rubra pa se v zaporedju označevalca RM431 nista razlikovala od referenčnega zaporedja.20232023-09-07 11:26:52Diplomsko delo/naloga149547VisID: 22690COBISS_ID: 164448515sl