Bioinformacijska analiza evolviranih genomov bakterije Bacillus subtilisKralj, Jernej (Avtor) Štefanič, Polonca (Mentor) Bacillus subtiliseksperimentalna evolucijasorodstveno razlikovanjebioinformatikaNa Katedri za mikrobno ekologijo in fiziologijo, Oddelka za mikrobiologijo Biotehniške fakultete so izvedli ekperiment eksperimentalne evolucije, pri katerem so testirali vpliv sorodstvenega razlikovanja na evolucijo seva PS-216. V procesu eksperimentalne evolucije so starševski sev PS-216 periodično izpostavili stičnim sevom PS-216, PS-218 in PS-13 in po dvajsetih ciklih testirali spremembe fenotipa razlikovanja sorodnosti, torej ali roji evolviranih sevov z rojem starševskega seva PS-216 tvorijo linijo. Prav tako pa so preverili, ali je prišlo do sprememb fenotipa rojenja. Na sekvenciranje so poslali 21 sevov, med katerimi so bili sevi s spremenjenim fenotipom rojenja in razlikovanja sorodnosti, prav tako pa tudi sevi, ki niso spremenili fenotipov razlikovanja sorodnosti ali rojenja. Namen magistrske naloge je bila identifikacija mutacij in potencialnega HGT (ang. Horizontal Gene Transfer). Genom starševskega seva PS-216 in stičnega seva PS-13 smo sestavili tako s kratkimi odčitki Illumina kot z dolgimi odčitki PacBio. Genome evolviranih sevov ter stičnega seva PS-218 smo sestavili s kratkimi odčitki Illumina. Mutacije, kot so SNP-ji in večje delecije, smo identificirali z bioinformacijskim orodjem Breseq, medtem ko smo insercije, ki bi nakazovale na potencialen HGT, identificirali s skripto MUMandCo. Mutacije smo odkrili v genih, vpletenih v sintezo ekstracelularnega matriksa, sporulacijo, transport peptidov in stresne odgovore. Prav tako smo identificirali mutacije v šestih genih, katerih produkti in funkcije še niso poznani. Potencialnega dogodka HGT nismo zaznali.20232023-04-20 07:15:43Magistrsko delo/naloga145381VisID: 217689COBISS_ID: 149849091sl