Določanje proteinov v okolici STAU1 in STAU2 v celicah HEK293Lenarčič, Katarina (Avtor) Petrovič, Uroš (Mentor) Milek, Miha (Komentor) nevrodegenerativne bolezniprotein staufeninteraktorbiotin-ligazaProtein staufen je RNA-vezavni protein, ki skupaj z molekulo RNA tvori ribonukleoproteinske komplekse kot so na primer stresne granule, ki omogočajo preživetje stresnih pogojev. Spremembe RNA-vezavnih proteinov lahko povzročijo številne nevrodegenerativne bolezni, za katere je značilno propadanje nevronov. V naši raziskavi smo z metodo označevanja okolice z biotinom označili proteine, ki interagirajo ali so v bližini proteina staufen. Uporabili smo dve biotin-ligazi: BirA* in TurboID. Ko smo dokazali, da se je fuzijski protein sintetiziral v celicah HEK293 in je bila biotinilacija proteinov uspešna smo izolirane proteine poslali na analizo z masno spektrometrijo. Rezultati so pokazali, da večina proteinov, ki smo jih določili, sodeluje pri vezavi RNA ali pri strukturi ribosoma, kar nekaj proteinov pa se veže z molekulo DNA. Večje razlike med proteini v okolici proteinov staufen 1 in staufen 2 nismo zaznali. Uporaba različnih biotin-ligaz pa nam je dala vpogled v časovno dinamiko interakcij. Pokazali smo, da se protein staufen nahaja v okolici ribosoma in molekule RNA.[K. Lenarčič]20232023-04-05 07:15:02Magistrsko delo/naloga145087UDK: 577.2VisID: 217622COBISS_ID: 149656067sl