Računalniška analiza primernosti encima MurC za načrtovanje novih protibakterijskih učinkovinČerne, Anja (Avtor) Frlan, Rok (Mentor) MurCevolucijska ohranjenostesencialnostbioinformacijska orodjabakterijska rezistencaBakterijska odpornost na trenutno dostopna antibiotična zdravila je eden največjih problemov javnega zdravja. K njenemu pojavu prispevata neustrezna in/ali prekomerna uporaba antibiotikov ter upadel razvoj novih antibiotičnih zdravil v zadnjih letih. Zato je razvoj novih protibakterijskih učinkovin nujen, pri čemer ga je smiselno usmeriti na mehanizme, ki so za obstoj bakterij nujni, kot sta na primer proces celične delitve ali biosinteza bakterijskega peptidoglikana. Eden izmed encimov, ki igrajo ključno vlogo pri biosintezi peptidoglikana, je encim UDP-N-acetilmuramat-L-alanin ligaza ali MurC. V okviru magistrske naloge smo zato s pomočjo različnih bioinformacijskih orodij, podatkovnih baz in programov poskušali ugotoviti, ali je encim MurC primerna tarča za razvoj novih protibakterijskih učinkovin. Pri analizi encima smo se osredotočili na ključne lastnosti potencialne tarče, kot so esencialnost gena, evolucijska ohranjenost aminokislin in sposobnost za vezavo učinkovine. Ugotovili smo, da je encim MurC esencialen za 43 bakterijskih organizmov, od katerih so trije organizmi ESKAPE. S pomočjo spletnega orodja UniProt smo ugotovili, da je izmed bakterij, pri katerih je znana sekvenca encima MurC, 11,7 % patogenih. S pomočjo analize evolucijske ohranjenosti aminokislin, poizvedb o napovedi potencialnih vezavnih mest in poizvedb o interakcijah aminokislin smo identificirali osem aminokislinskih položajev, ki so najprimernejši za tarčno ciljanje z učinkovino. Ti aminokislinski položaji encima MurC so: 128, 129, 130, 131, 173, 326, 346 in 352.20232023-02-15 07:45:02Magistrsko delo/naloga144329VisID: 95019sl