Metagenomska analiza kožne mikrobiote črne podvrste človeške ribicePajek Arambašič, Neža (Avtor) Kostanjšek, Rok (Mentor) Gostinčar, Cene (Komentor) kožna mikrobiotaProteus anguinus parkeljbioinformatikaQIIME2DNA metabarkodiranjeEndemit belokranjskega krasa, črna podvrsta človeške ribice (Proteus anguinus parkelj Sket & Arntzen 1994), je eden najbolj ogroženih vretenčarjev v Evropi. Kostanjšek in sod. (2019) so pri kožni mikrobioti osebka črne podvrste opazili prevlado enterobakterij in aeromonad, kar bi lahko nakazovalo na obremenitev okolja s fekalno mikrobioto. V nalogi smo zato želeli preveriti sestavo kožne mikrobiote pri večjem številu osebkov črne podvrste. Z analizo sekvenciranih pomnožkov taksonomskih označevalcev na nivoju bakterij, gliv, arhej in evkariontov smo izvedli razširjeno analizo kožne mikrobiote štirih osebkov črne podvrste in devetih belih osebkov človeških ribic iz dveh filogenetskih linij, linije reke Ljubljanice in dolenjske linije. Pri črni podvrsti smo rod Aeromonas zasledili le pri enem osebku in to v zelo nizki relativni številčnosti (< 1%), zato domnevamo, da je pri črnem osebku predhodne raziskave šlo za osamljen primer disbioze kožne mikrobiote. S statističnimi testi diverzitete beta (PERMANOVA, ANOSIM) smo pokazali, da filogenetska linija gostitelja lahko pojasni del variance bakterijskih združb, ne pa tudi združb ostalih preiskovanih taksonomskih skupin. Naša analiza v primerjavi z dosedanjimi tovrstnimi raziskavami prvič vključuje tudi glive, arheje in evkarionte. Poleg tega je dodana vrednost naše raziskave vzpostavitev bioinformatskega cevovoda za analizo pomnožkov taksonomskih označevalcev z uporabo paketa Qiime2 v jeziku Python v obliki zvezkov Jupyter Notebook.[N. P. Arambašič ]20222022-12-30 07:15:04Magistrsko delo/naloga143596UDK: 579VisID: 217331COBISS_ID: 137393411sl