Analiza biosinteze oksitetraciklina in drugih sekundarnih metabolitov pri bakteriji Streptomyces rimosusSlemc, Lucija (Avtor) Petković, Hrvoje (Mentor) Streptomyces rimosusgruča biosinteznih genovsekundarni metabolitiaromatski poliketiditetraciklinioksitetraciklinbiosintezna potbioinformacijska analizakokultivacijaBakterija Streptomyces rimosus je poznana predvsem zaradi produkcije široko spektralnega antibiotika oksitetraciklina (OTC). Z namenom boljšega razumevanja biosinteze OTC in drugih naravnih tetraciklinov (TC) smo naredili bioinformacijsko primerjavo gruč biosinteznih genov (GBG), ki kodirajo biosintezo: OTC, klorotetraciklina, kelokardina, daktilociklina in SF2575. Nato smo se osredotočili na izbrane gene udeležene v zgodnje in pozne stopnje biosinteze OTC, katerih vloga še ni poznana. Izbili smo izbrane gene iz otc GBG (oxyI, oxyH, oxyG, oxyM, oxyO) v visoko donosnem sevu bakterije S. rimosus. Sevom z izbitimi geni smo ovrednotili donos OTC ter z analizo netarčnega metaboloma poskušali identificirati nove intermediate/stranske produkte. Pokazali smo, da geni oxyI, oxyG, oxyM in oxyO niso nujno potrebni v biosintezi OTC. Vendar ob izbitju genov oxyI, oxyG in oxyM donos OTC upade, zaradi česar domnevamo, da imajo pomožno vlogo v biosintezi. V sevu z izbitim genom oxyH je prišlo do prekinitve produkcije OTC in ob tem smo detektirali nov metabolit. V drugem sklopu smo se osredotočili na preostali sekundarni metabolizem bakterije S. rimosus, tako da smo s pomočjo bioinformacijskih orodij identificirali in analizirali GBG na kromosomu in plazmidu. Po kultivaciji bakterije S. rimosus v različnih gojiščih in LC-MS analizi smo detektirali produkcijo devetih sekundarnih metabolitov. Poleg tega smo poskušali identificirati GBG v genomu bakterije S. rimosus, ki kodira biosintezo rdeče obarvane spojine in smo jo detektirali le ob kokultivaciji z bakterijo Bacillus subtilis. Ob izbitju izbranih GBG je bakterija S. rimosus ob kokultivaciji z bakterijo B. subtilis še vedno proizvajala rdeče obarvano spojino.[L. Slemc]20222022-12-24 07:15:30Doktorsko delo/naloga143527UDK: 604.4:579.873.7VisID: 217298COBISS_ID: 135468035sl