Bioinformacijska analiza ohranjenih regij pri sesalcihJelovšek, Petra (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) sesalcigenomibioinformatikapodatkovne zbirkeanalizaV genomih sesalcev se pojavljajo območja, katera so med vrstami bolje ohranjena kot druga. S pomočjo različnih algoritmov, ki uporabljajo metodo določanja stopenj zamenjav, so bili predhodno določeni zelo ohranjeni elementi (angl. ultraconserved elements, UCE), z obsegom več kot 200 baznih parov (bp), ki so prisotni tako v regulatornih regijah kot v protein-kodirajočih regijah genoma. V zelo ohranjenih elementih, določenih na podlagi podobnih metod kot je genomsko profiliranje evolucijskih stopenj (GERP) (angl. constrained element, CE), so bili določeni številni polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP-ji). Analize CE-jev na ravni celotnega genoma človeka so bile v preteklosti že izvedene, a na podlagi CE-jev določenih z manjšim številom poravnav genomov sesalcev, zato smo analizo ponovili s podatki zadnje izdaje genomskega brskalnika Ensembl. Namen te raziskave je bil preveriti ali obstajajo v genomu zelo ohranjenih elementi dolgi vsaj 200 bp določeni na podlagi vrednosti GERP in ali se v izbranih genih pri človeku nahaja značilno več patogenih različic v zelo ohranjenih elementih, kot izven njih. Izvedli smo bioinformacijsko analizo s programskim orodjem R Studio ter Excel, podatkovne nabore pa smo pridobili iz podatkovnih zbirk Ensembl, HGMD, ClinVar ter COSMIC. Ugotovili smo, da pri človeku, podgani in miši zelo ohranjeni elementi predstavljajo 2 – 4 % genoma, kar so potrdile tudi predhodne študije. Najvišji delež CE-jev je v povprečju na kromosomu Y, najnižji delež pa na kromosomu 19. V genih HIF1A, EPAS1, HIF3A ter 20 izbranih tarčnih genih proteina HIF1A smo analizirali lokacije patogenih variant v CE-jih in ugotovili, da delež patogenih SNP-jev v CE-jih in izven njih v teh 23 izbranih genih znaša v povprečju 50%. Razlika med številom patogenih SNP-jev v in izven CE-jev ni značilna. Rezultati bodo služili kot osnova za nadaljnje študije CE-jev drugih genov in pri drugih izbranih živalskih vrstah. Prav tako smo s preučevanjem pojavljanja patogenih različic v CE osnovali podlago za proučevanje povezave med CE in patogenimi različicami tudi v drugih delih genoma.20222022-10-03 08:16:07Magistrsko delo/naloga141616VisID: 213595COBISS_ID: 126116355sl