Vpliv SigmaR1 na agregacijo TDP-43 pri nevrodegenerativnih boleznihMaklin, Ana (Avtor) Župunski, Vera (Mentor) nevrodegeneracijeagregacijaproteinTDP-43Nevrodegenerativne bolezni so v današnjem času vedno večji problem zdravstva in družbe. Simptomi nevrodegenerativnih bolezni so posledica progresivne izgube nevronov centralnega ali perifernega živčnega sistema. Ena glavnih značilnosti nevrodegeneracije je agregacija endogenih proteinov v netopna inkluzijska telesca. Primer takšnega proteina je TAR (angl. transactivation response) DNA-vezavni protein 43 (TDP-43). V normalnih celicah se TDP-43 nahaja predvsem v jedru in ima pomembno vlogo pri regulaciji genov, procesiranju in prerazporejanju RNA. V patoloških pogojih pride do cepitve, hiperfosforilacije in ubikvitinacije TDP-43, kar vodi v akumulacijo in agregacijo TDP-43 v citoplazmi. Še eden izmed kritičnih proteinov pri nevrodegeneraciji je šaperon endoplazemskega retikuluma (ER) sigma receptor 1 (Sig-1R). Sig-1R se nahaja na s holesterolom bogatih predelih membrane ER, lipidnih raftih. Disregulacijo TDP-43 se lahko neposredno poveže z agregacijo Sig-1R. Šaperon Sig-1R se v preživelih motoričnih nevronih pacientov s sporadično amiotrofično lateralno sklerozo akumulira in bi lahko imel nevroprotektivno vlogo. V magistrskem delu smo se osredotočili na in vitro agregacijo TDP-43 in vpliv proteina Sig-1R na potek agregacije TDP-43. V celicah E. coli BL21[DE3] smo izrazili proteina TDP-43-MBP in Sig-1R brez ΔN-končnega transmembranskega dela. S pomočjo afinitetne kromatografije in kromatografije z ločevanjem po velikosti smo izolirali zadostno količino obeh proteinov v topni obliki. V nadaljevanju smo izvedli agregacijske in interakcijske teste. Zanimala nas je agregacija TDP-43 in vpliv Sig-1R na agregacijo TDP-43. Kot inhibitor agregacije TDP-43 smo uporabili tRNA, za katere je znano, da prispevajo k topnosti TDP-43, za ΔNSig-1R pa smo hipotezo o inhibiciji agregacije testirali. Agregacijske teste smo izvedli z merjenjem motnosti raztopine pri valovni dolžini absorbance 395 nm. Dodatek tRNA je zmanjšal oziroma preprečil agregacijo TDP-43. Za ΔNSig-1R nismo uspeli dokazati, da preprečuje agregacijo TDP-43. V nadaljevanju smo izvedli interakcijske teste z metodo interferometrije z biološkimi plastmi (BLI). Tako med TDP-43 in tRNA kot tudi ΔNSig-1R je prišlo do šibke interakcije, vendar bi morali zaradi tehničnih napak v delu eksperiment ponoviti.20222022-09-27 14:50:00Magistrsko delo/naloga141274VisID: 16901COBISS_ID: 132055043sl